LXL04_024012 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024012

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 77750665-77751452 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

513 bp · LXL04_024012|LXL04_024012|OH1004|cDNA

ATGGAAGACGACGTCCGTCGAATGTCGACTCGAGCACGTAAAGTTGCACCCAAAATGGTAGCTGCACTTGCCAGCACTGATAATCGAACTCAGGCAATTCTCGCACGTCTTGAAGCTCTCGAGAATGACAATCCTGGAGCAGAACTGGTAGAAcctaatgatgatgatgatgatgcatcccttgatgaagatgatgatcaaGTGTTCCAGAAAAAGCAATCGAAAGGTACGAAACGCAAAACTCGTCAGGCGAAAGCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

513 bp · LXL04_024012|LXL04_024012|OH1004|CDS

ATGGAAGACGACGTCCGTCGAATGTCGACTCGAGCACGTAAAGTTGCACCCAAAATGGTAGCTGCACTTGCCAGCACTGATAATCGAACTCAGGCAATTCTCGCACGTCTTGAAGCTCTCGAGAATGACAATCCTGGAGCAGAACTGGTAGAACCTAATGATGATGATGATGATGCATCCCTTGATGAAGATGATGATCAAGTGTTCCAGAAAAAGCAATCGAAAGGTACGAAACGCAAAACTCGTCAGGCGAAAGCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

170 aa · LXL04_024012|LXL04_024012|OH1004|PROTEIN

MEDDVRRMSTRARKVAPKMVAALASTDNRTQAILARLEALENDNPGAELVEPNDDDDDASLDEDDDQVFQKKQSKGTKRKTRQAKALETAKKAPRTFLELLHDANLESLPPHVPSYLRAAVGPPSSTSRRDFCTVCGFSAKYTCVRCGMRFCAARCQNVHNDTRCLKFVA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024012`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024012

位置 Chr05:77750665-77751452 (+)

描述 Similar to SWC6: SWR1 complex subunit 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37055`	SWR1 复合体的组成部分，介导组蛋白 H2A 与 H2A 变体 H2A.F/Z 的 ATP 依赖性交换，从而通过染色质重塑对选定基因进行转录调节。	SEF, a new protein required for flowering repression in Arabidopsis, interacts with PIE1 and ARP6.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092270 Arabidopsis homologs of components of the SWR1 complex regulate flowering and plant development.2007 · DOI: 10.1242/dev.001891

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024012 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0003015 heart process 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0036335 intestinal stem cell homeostasis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程

GO:0055074 calcium ion homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G37055

bta:514997

ddi:DDB_G0284961

hsa:10467

mmu:70103

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.944

排名 1 · LXL04_024012 · OH-1004

细胞质0.155

排名 2 · LXL04_024012 · OH-1004

线粒体0.018

排名 3 · LXL04_024012 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 4 · LXL04_024012 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_024012 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04438.23zf-HIT130-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024012	`PF04438.23`	zf-HIT	130	157	1.2e-09	38.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHW2`	拟南芥	SWR1 complex subunit 6	69.364%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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