LXL04_023963 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023963

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 75770327-75773947 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1824 bp · LXL04_023963|LXL04_023963|OH1004|cDNA

ATGGACTTTTATACATTTGATGGGAATGCTTCTGGTGACGACTATGAGGATATTGATTGGGATACAGATGATGAACTTGAAATCCAGAACATAACCCCTTCATCATGTGCAACTTTAACAACTCTGAATGCACAAACTATTAATGGGGAGGCGAGCTCATCAGCCGGCCCTTCAAATTCCGATTTGGTTCAGAAGTTTCTAGGAATGGGATTTTCCAAACAGTTGATTGCAAAAGCCATCAAAGAAAATGGGGAGTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · LXL04_023963|LXL04_023963|OH1004|CDS

ATGGACTTTTATACATTTGATGGGAATGCTTCTGGTGACGACTATGAGGATATTGATTGGGATACAGATGATGAACTTGAAATCCAGAACATAACCCCTTCATCATGTGCAACTTTAACAACTCTGAATGCACAAACTATTAATGGGGAGGCGAGCTCATCAGCCGGCCCTTCAAATTCCGATTTGGTTCAGAAGTTTCTAGGAATGGGATTTTCCAAACAGTTGATTGCAAAAGCCATCAAAGAAAATGGGGAGTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

607 aa · LXL04_023963|LXL04_023963|OH1004|PROTEIN

MDFYTFDGNASGDDYEDIDWDTDDELEIQNITPSSCATLTTLNAQTINGEASSSAGPSNSDLVQKFLGMGFSKQLIAKAIKENGESNTNSILESLLTYSVLEVEDSPDELNSCHLNSPQQPQQECVDNDQLSSDYNESLCDDLSESDSSWSGGSEVADVTSSLPKHEKALLSLAKMGYSIEEASAAMERCGPQASIVELTDFICAAQMAKMEDVFFEEEKPKLPLRLNGDFKKRKLYDLDIWKRKKRKGILTEEDDAIRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023963`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023963

位置 Chr05:75770327-75773947 (-)

描述 Similar to DRM2: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9M548`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9LXE5`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0110800`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os12g0108900`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os05g0133900`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023963 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0009008 DNA-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14620

ath:AT5G15380

dosa:Os03g0110800

dosa:Os05g0133900

dosa:Os12g0108900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.840

排名 1 · LXL04_023963 · OH-1004

细胞质0.197

排名 2 · LXL04_023963 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 3 · LXL04_023963 · OH-1004

线粒体0.031

排名 4 · LXL04_023963 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_023963 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00145.24DNA_methylase485-600 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023963	`PF00145.24`	DNA_methylase	485	600	2.4e-13	51.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M548`	拟南芥	DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2	55.226%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXE5`	拟南芥	DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM1	52.090%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10SU5`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2	52.589%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QYR5`	水稻	Probable inactive DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM1B	45.861%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6AUQ7`	水稻	Probable inactive DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM3	33.912%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情