LXL04_023875 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023875

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 72125272-72127571 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1040 bp · LXL04_023875|LXL04_023875|OH1004|cDNA

AAGAACTCACGCTTTTCACACACACTCCCTCTCCTTCTTATATCCACCACCAACTCATACTATTCCGGTCATCGGTCCATCTCTAGGGTTTCCAATGGCATATGGCCGTACTGACGCACGCAGACACATGTTCGATGGCGGTGTCAACTTTATCTCCGACCAAAACCCTCACACTGGTTATCAACAGCATCCGCCTCAACGATTTTCCAATGTCGGGATTCATGAATCGATGCGCCATGATTTTGTTCCTGGTGGTTATG...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · LXL04_023875|LXL04_023875|OH1004|CDS

ATGGCATATGGCCGTACTGACGCACGCAGACACATGTTCGATGGCGGTGTCAACTTTATCTCCGACCAAAACCCTCACACTGGTTATCAACAGCATCCGCCTCAACGATTTTCCAATGTCGGGATTCATGAATCGATGCGCCATGATTTTGTTCCTGGTGGTTATGGAAACTGGAGCAGAAACTTCAGCATGCAGCAGTACTACCCTCTCCCAAAATCCGATAAGGTCTGCCTGGTTTTTACCCACACAGGATTTTGTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

313 aa · LXL04_023875|LXL04_023875|OH1004|PROTEIN

MAYGRTDARRHMFDGGVNFISDQNPHTGYQQHPPQRFSNVGIHESMRHDFVPGGYGNWSRNFSMQQYYPLPKSDKVCLVFTHTGFCSFRDRCRFRHPTPENAQVDAEENKGKPSETESEKSRPVIPCKFYPTGVCKNGEKCKFDHSITEFKQIFNIMGLPIRLGEQDCSFYMRNGTCNFGKSCKFHHPDPIIYHEPDQAYEDYFEYENGASGFTDGEYGIGYPDPNQRYYPQPPVIGNNYQPNFSWNDLIQLSHQQENVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023875`
TK1151 ID	TkA06G202260
OH-1004 ID	LXL04_023875
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.213 / OH-1004 97.764 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023875

位置 Chr05:72125272-72127571 (+)

描述 Similar to At3g48440: Zinc finger CCCH domain-containing protein 43

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48440`	含锌指CCCH结构域的蛋白 43。	暂无已核实直接文献
`At5g63260`	含锌指CCCH结构域的蛋白67。	暂无已核实直接文献
`At1g04990`	体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。	暂无已核实直接文献
`At2g47850`	含锌指CCCH结构域的蛋白32。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0258700`	含锌指CCCH结构域蛋白6。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023875 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004518 nuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04990

ath:AT3G48440

ath:AT5G63260

dosa:Os01g0258700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.572

排名 1 · LXL04_023875 · OH-1004

细胞质0.524

排名 2 · LXL04_023875 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_023875 · OH-1004

内质网0.036

排名 4 · LXL04_023875 · OH-1004

线粒体0.029

排名 5 · LXL04_023875 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131.12Torus115-152 aa

PF00642.31zf-CCCH126-146 aa

PF18044.8zf-CCCH_4126-145 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L127-150 aa

PF18345.8zf_CCCH_4127-145 aa

PF00642.31zf-CCCH165-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023875	`PF16131.12`	Torus	115	152	3.5e-09	37.9
LXL04_023875	`PF00642.31`	zf-CCCH	126	146	6.2e-17	61.8
LXL04_023875	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	126	145	3.4e-09	37.0
LXL04_023875	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	127	150	1.2e-11	45.0
LXL04_023875	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	127	145	2.7e-09	37.5
LXL04_023875	`PF00642.31`	zf-CCCH	165	188	6.2e-17	61.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STM4`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 43	41.379%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5RJC5`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 67	39.130%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94AD9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 3	30.693%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84W91`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 32	34.591%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5NAW2`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 6	38.462%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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