基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_023708
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 64143192-64145984
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1629 bp · LXL04_023708|LXL04_023708|OH1004|cDNA
ATGATACCCGAAGGTGATGTTTGGATGGAAGGAGGAGGAAACCAAGATGAAATTGAAACATCTTCATGGAcgccgaccaccaccaccacccacCACCATGTTCTTGGAATTGAAGCTGCTGACACATCATGCAATGACACCACCGCCGCCAATACCTACGCTTCTCTCACCACCTTGAAATCAATGCTTGAAACCGAGTGGTATCACCACAACAATCTCAACCTGTCTTCCAATCCCTCCGATAATAATTCCATCTTCTT...
CDS
下载 CDS FASTA1629 bp · LXL04_023708|LXL04_023708|OH1004|CDS
ATGATACCCGAAGGTGATGTTTGGATGGAAGGAGGAGGAAACCAAGATGAAATTGAAACATCTTCATGGACGCCGACCACCACCACCACCCACCACCATGTTCTTGGAATTGAAGCTGCTGACACATCATGCAATGACACCACCGCCGCCAATACCTACGCTTCTCTCACCACCTTGAAATCAATGCTTGAAACCGAGTGGTATCACCACAACAATCTCAACCTGTCTTCCAATCCCTCCGATAATAATTCCATCTTCTT...
542 aa · LXL04_023708|LXL04_023708|OH1004|PROTEIN
MIPEGDVWMEGGGNQDEIETSSWTPTTTTTHHHVLGIEAADTSCNDTTAANTYASLTTLKSMLETEWYHHNNLNLSSNPSDNNSIFLPMDSSSSCSPSHSHHPFTLPDPSPSHSYPFFPPKFNNSYDLGFDFGCDPAFLPNHTSNLMNFNGMCSQTHLAIPELSSSSDFPATNNSNDTSDIGGPGFNPPLTAFDGFHGSAPMNPLFAARSKVLRPLEISPPVGAQPTLFQKRAALRQSSLKLGELGAANWGKRAESNIGA...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_023708 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_023708 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr05:64143192-64145984 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to SCRM: Transcription factor ICE1 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009960 endosperm development 生物过程 GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程 GO:0010162 seed dormancy process 生物过程 GO:0010371 regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程 GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程 GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程 GO:0031347 regulation of defense response 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G12860 ath:AT3G26744 ath:AT5G10570 ath:AT5G65640 dosa:Os03g0135700 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.967
细胞质0.096
细胞膜0.031
内质网0.024
质体0.014
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00010.32HLH335-400 aaPF22754.5bHLH-TF_ACT-like_plant459-531 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_023708 | PF00010.32 | HLH | 335 | 400 | 2e-07 | 31.4 |
| LXL04_023708 | PF22754.5 | bHLH-TF_ACT-like_plant | 459 | 531 | 5.7e-11 | 43.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LSE2 | 拟南芥 | Transcription factor ICE1 | 53.811% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LPW3 | 拟南芥 | Transcription factor SCREAM2 | 51.049% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LSL1 | 拟南芥 | Transcription factor bHLH93 | 40.000% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9LXA9 | 拟南芥 | Transcription factor bHLH61 | 37.339% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q10S44 | 水稻 | Transcription factor BHLH3 | 35.366% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |