LXL04_023652 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023652

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 59298276-59298653 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

300 bp · LXL04_023652|LXL04_023652|OH1004|cDNA

ATGGAATCAAATCCAACTGCATATTCCAAGGCTGATGGAACTGGAAAACCTACAGGGCCATCTTCAAATCAGGGATACAGCCGGTGGTGGGATCTTCCTTGCTGGTGTAACAAGCTGAAGTTACTTCACAAGAAGAAATGGCTTCATTTAATAAAAGGGTTGGATCGGGAAGCTATTAAACCCATGATTAAAGAATTGGATGAGGACCGAGAAGAGTCCCAAGATCCTGAGGTGGAGTTTGCGATAGCAGGGGCGGTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

300 bp · LXL04_023652|LXL04_023652|OH1004|CDS

ATGGAATCAAATCCAACTGCATATTCCAAGGCTGATGGAACTGGAAAACCTACAGGGCCATCTTCAAATCAGGGATACAGCCGGTGGTGGGATCTTCCTTGCTGGTGTAACAAGCTGAAGTTACTTCACAAGAAGAAATGGCTTCATTTAATAAAAGGGTTGGATCGGGAAGCTATTAAACCCATGATTAAAGAATTGGATGAGGACCGAGAAGAGTCCCAAGATCCTGAGGTGGAGTTTGCGATAGCAGGGGCGGTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

99 aa · LXL04_023652|LXL04_023652|OH1004|PROTEIN

MESNPTAYSKADGTGKPTGPSSNQGYSRWWDLPCWCNKLKLLHKKKWLHLIKGLDREAIKPMIKELDEDREESQDPEVEFAIAGAVREWKFCWKLFRCV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023652`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023652

位置 Chr05:59298276-59298653 (+)

描述 Similar to BIG: Auxin transport protein BIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02260`	生长素外排和极性生长素转运（PAT）所必需，影响细胞伸长、顶端优势、侧根形成、花序结构及整体生长发育等生长素介导的发育应答。	BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.905201 Mutations in the huge Arabidopsis gene BIG affect a range of hormone and light responses.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01779.x The auxin transport inhibitor response 3 (tir3) allele of BIG and auxin transport inhibitors affect the gibberellin status of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02287.x CRM1/BIG-mediated auxin action regulates Arabidopsis inflorescence development.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm094 Arabidopsis mutants define downstream branches in the phototransduction pathway.1994 · DOI: 10.1101/gad.8.3.339 Reduced naphthylphthalamic acid binding in the tir3 mutant of Arabidopsis is associated with a reduction in polar auxin transport and diverse morphological defects.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.5.745

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0247700`	对生长素外排和极性生长素运输（PAT）必需，影响生长素介导的发育反应（如细胞伸长、顶端优势、侧根产生、花序结构、总体生长和发育）（基于相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023652 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0048281 inflorescence morphogenesis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0071596 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway 生物过程

GO:0140455 cytoplasm protein quality control 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02260

dosa:Os09g0247700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

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基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.387

排名 1 · LXL04_023652 · OH-1004

细胞质0.331

排名 2 · LXL04_023652 · OH-1004

线粒体0.202

排名 3 · LXL04_023652 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 4 · LXL04_023652 · OH-1004

内质网0.077

排名 5 · LXL04_023652 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRU2`	拟南芥	Auxin transport protein BIG	79.487%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9G2A8`	水稻	Auxin transport protein BIG	78.947%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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