LXL04_023595 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023595

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 54553488-54557303 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

948 bp · LXL04_023595|LXL04_023595|OH1004|cDNA

ATGGCTACACTGATAATTCCAGCGGTGTTATCCTCTCCTCGTGATGATGCAATGCAATTATACAAGGCTTTCAAGGGTTGGGGATGTGACACTATAGCTATCATTGGTATTCTGGCCCATCGTGATGCATCACAGCGTGCTCTGATCGAACAAGAATATAAAGTTATGTACTCCGAAGAAATGACCAAACGTCTGTCTTCAGAGCTCAGTGGAGATGTTaagAAAGCAATGTTACTTTGGATGCCTGATCCAGCACGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

948 bp · LXL04_023595|LXL04_023595|OH1004|CDS

ATGGCTACACTGATAATTCCAGCGGTGTTATCCTCTCCTCGTGATGATGCAATGCAATTATACAAGGCTTTCAAGGGTTGGGGATGTGACACTATAGCTATCATTGGTATTCTGGCCCATCGTGATGCATCACAGCGTGCTCTGATCGAACAAGAATATAAAGTTATGTACTCCGAAGAAATGACCAAACGTCTGTCTTCAGAGCTCAGTGGAGATGTTAAGAAAGCAATGTTACTTTGGATGCCTGATCCAGCACGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

315 aa · LXL04_023595|LXL04_023595|OH1004|PROTEIN

MATLIIPAVLSSPRDDAMQLYKAFKGWGCDTIAIIGILAHRDASQRALIEQEYKVMYSEEMTKRLSSELSGDVKKAMLLWMPDPARRDAIILREALTTNIDLKAATEVVCSRTPSQLYHLKQLYVAHFGDYLEHDIQSQASGDHEKLLIAYITMPRSEGPEVDMTVVEKDAKALFKAGEKRLGTDEKTFRTIFTERSRPHMAAVSVSYKDMFGNSLKKAIKSETSGNFEYALVTILQSAENPAKYFAKVLRKAMKGLGTD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023595`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023595

位置 Chr05:54553488-54557303 (+)

描述 Similar to ANN5: Annexin D5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68090`	胞外膜联蛋白 D5。	暂无已核实直接文献
`At5g10230`	致密素 D7。	暂无已核实直接文献
`At5g10220`	致密素 D6。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023595 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042997 negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程

GO:0042998 positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68090

ath:AT5G10220

ath:AT5G10230

hsa:312

mmu:69787

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519

排名 1 · LXL04_023595 · OH-1004

细胞膜0.305

排名 2 · LXL04_023595 · OH-1004

细胞核0.191

排名 3 · LXL04_023595 · OH-1004

细胞外0.138

排名 4 · LXL04_023595 · OH-1004

线粒体0.049

排名 5 · LXL04_023595 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00191.26Annexin16-79 aa

PF00191.26Annexin88-150 aa

PF00191.26Annexin170-235 aa

PF00191.26Annexin245-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023595	`PF00191.26`	Annexin	16	79	1.6e-77	256.3
LXL04_023595	`PF00191.26`	Annexin	88	150	1.6e-77	256.3
LXL04_023595	`PF00191.26`	Annexin	170	235	1.6e-77	256.3
LXL04_023595	`PF00191.26`	Annexin	245	310	1.6e-77	256.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9X3`	拟南芥	Annexin D5	56.825%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LX07`	拟南芥	Annexin D7	40.317%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LX08`	拟南芥	Annexin D6	39.117%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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