LXL04_023504 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023504

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 45693068-45694252 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1185 bp · LXL04_023504|LXL04_023504|OH1004|cDNA

ATGAAATTCTGGAAGAGGGCTTCTGGAGCACTAAAAGACCGCCAAAGTCTTCTTAAGGCGAGCTTCACTCACCGATCAGCGTTCCGAAATCCAGACATAGAAGCGGCAGTGATTAAAGCGACCAGCCATGACGAATCTCGTGTTAATTACCGGAACGCTCAACGTGTTTTTTCCTGGGTGGTGATTTCCGATGACTATTTACGCCACGTGTTGTGGGCTCTTTCACACAGGATGTGGAGGACCCACGACTGGGTGGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1185 bp · LXL04_023504|LXL04_023504|OH1004|CDS

ATGAAATTCTGGAAGAGGGCTTCTGGAGCACTAAAAGACCGCCAAAGTCTTCTTAAGGCGAGCTTCACTCACCGATCAGCGTTCCGAAATCCAGACATAGAAGCGGCAGTGATTAAAGCGACCAGCCATGACGAATCTCGTGTTAATTACCGGAACGCTCAACGTGTTTTTTCCTGGGTGGTGATTTCCGATGACTATTTACGCCACGTGTTGTGGGCTCTTTCACACAGGATGTGGAGGACCCACGACTGGGTGGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

394 aa · LXL04_023504|LXL04_023504|OH1004|PROTEIN

MKFWKRASGALKDRQSLLKASFTHRSAFRNPDIEAAVIKATSHDESRVNYRNAQRVFSWVVISDDYLRHVLWALSHRMWRTHDWVVVLKGLMLLHGVFCCKVPGIQEIGRLPFDMMNFKDKRTVRGKLAGLNEFIRAYYAFLDEKSSFIFFHSQEQRDRRVKERIALLSQEEQKENPMIQDLIWLQKLQGLLDLLLQIRPKSKLTVNLLVLEAMDCIVIEFYDICGRICNGIGSVLLTIYPAGGNDAKMALSVLQKAKVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023504`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023504

位置 Chr05:45693068-45694252 (-)

描述 Similar to At1g25240: Putative clathrin assembly protein At1g25240

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g25240`	推定的网格蛋白装配蛋白 At1g25240。	暂无已核实直接文献
`At1g68110`	假定的网格蛋白装配蛋白 At1g68110。	暂无已核实直接文献
`At1g14686`	推定的网格蛋白组装蛋白At1g14686。	暂无已核实直接文献
`At2g01920`	假定的网格蛋白组装蛋白 At2g01920。	暂无已核实直接文献
`At4g32285`	可能的网格蛋白组装蛋白 At4g32285。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023504 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006900 vesicle budding from membrane 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0048268 clathrin coat assembly 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005905 clathrin-coated pit 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14686

ath:AT1G25240

ath:AT1G68110

ath:AT2G01920

ath:AT4G32285

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.443

排名 1 · LXL04_023504 · OH-1004

细胞质0.389

排名 2 · LXL04_023504 · OH-1004

细胞核0.267

排名 3 · LXL04_023504 · OH-1004

内质网0.058

排名 4 · LXL04_023504 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 5 · LXL04_023504 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07651.23ANTH32-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023504	`PF07651.23`	ANTH	32	301	2.8e-50	171.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FRH3`	拟南芥	Putative clathrin assembly protein At1g25240	41.262%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9X5`	拟南芥	Putative clathrin assembly protein At1g68110	39.078%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQW4`	拟南芥	Putative clathrin assembly protein At1g14686	35.762%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHV5`	拟南芥	Putative clathrin assembly protein At2g01920	32.039%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S9J8`	拟南芥	Probable clathrin assembly protein At4g32285	22.162%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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