LXL04_023318 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023318

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 32326729-32330779 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1722 bp · LXL04_023318|LXL04_023318|OH1004|cDNA

ATGGCGCATTTGCGATCGCTGATCCTTCTGCTTTCAATTTCACTGTGGCCGTTGCCAGGGCTGAGCCAGTTTTGTGAGTCTGGTAATGGATATTGCGGTTTAGAGAATGTATCACCATCAAAGATATTGATAAAGGGTGGCACAGTTGTAAATGCTGATCATCAAGAGGTTGCTGATGTTTATGTGGAGGATGGAGTTATTGTTGCTGTTAGACCTAATATTAAGGTTCCTGATGGTGTCAGAATTCTTGATGCTATTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1722 bp · LXL04_023318|LXL04_023318|OH1004|CDS

ATGGCGCATTTGCGATCGCTGATCCTTCTGCTTTCAATTTCACTGTGGCCGTTGCCAGGGCTGAGCCAGTTTTGTGAGTCTGGTAATGGATATTGCGGTTTAGAGAATGTATCACCATCAAAGATATTGATAAAGGGTGGCACAGTTGTAAATGCTGATCATCAAGAGGTTGCTGATGTTTATGTGGAGGATGGAGTTATTGTTGCTGTTAGACCTAATATTAAGGTTCCTGATGGTGTCAGAATTCTTGATGCTATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

573 aa · LXL04_023318|LXL04_023318|OH1004|PROTEIN

MAHLRSLILLLSISLWPLPGLSQFCESGNGYCGLENVSPSKILIKGGTVVNADHQEVADVYVEDGVIVAVRPNIKVPDGVRILDAIGRLVMPGGIDPHTHLAMEFMGTETIDNFFSGQGAALAGGTTMHIDFVIPVNGSLSKGYESYLEKAKSSCMDYGFHMAITKWDDIVPKEMETMVQKGLYFPLININTFPKLELIKPSILGINSFKFFMAYKGSLMISDELLLEGLKKCKSLGALAMVHAENGDAVFEGQKRMIQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023318`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023318

位置 Chr05:32326729-32330779 (-)

描述 Similar to PYD2: Dihydropyrimidinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g12200`	催化还原嘧啶降解的第二步，即二氢嘧啶的可逆水解开环。	A functional analysis of the pyrimidine catabolic pathway in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02843.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023318 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006208 pyrimidine nucleobase catabolic process 生物过程

GO:0006210 thymine catabolic process 生物过程

GO:0006212 uracil catabolic process 生物过程

GO:0006248 CMP catabolic process 生物过程

GO:0006249 dCMP catabolic process 生物过程

GO:0019482 beta-alanine metabolic process 生物过程

GO:0019483 beta-alanine biosynthetic process 生物过程

GO:0019860 uracil metabolic process 生物过程

GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程

GO:0046050 UMP catabolic process 生物过程

GO:0046074 dTMP catabolic process 生物过程

GO:0046079 dUMP catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G12200

ddi:DDB_G0269246

hsa:1807

mmu:64705

rno:65135

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.326

排名 1 · LXL04_023318 · OH-1004

溶酶体／液泡0.266

排名 2 · LXL04_023318 · OH-1004

细胞质0.137

排名 3 · LXL04_023318 · OH-1004

内质网0.127

排名 4 · LXL04_023318 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 5 · LXL04_023318 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07969.18Amidohydro_382-102 aa

PF01979.27Amidohydro_189-482 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023318	`PF07969.18`	Amidohydro_3	82	102	6.3e-08	33.2
LXL04_023318	`PF01979.27`	Amidohydro_1	89	482	3.8e-09	37.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMP3`	拟南芥	Dihydropyrimidinase	68.539%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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