LXL04_022958 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022958

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 15140563-15145030 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2829 bp · LXL04_022958|LXL04_022958|OH1004|cDNA

ATGGCTGGGAGTTCTAGTGAAGAGTCTGGGGTTAGCAGATCATTAGAAGGATTATCAAATGGGCAGCAGCGTTCTGGTGAAGCATTGGCTGAATGGAGGTCTTCTGAGCAAGTTGAGAATGGAATCACTTCAACTTCACCTCCTTACTGGGATactgatgatgatgatgattgtGGACCAAAGCCTTCTGAGTTATATGGAAAGTATACATGGAAGATAGACAAGTTCTCACAAATTAACAAGAGAGAGCTTCGTAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2829 bp · LXL04_022958|LXL04_022958|OH1004|CDS

ATGGCTGGGAGTTCTAGTGAAGAGTCTGGGGTTAGCAGATCATTAGAAGGATTATCAAATGGGCAGCAGCGTTCTGGTGAAGCATTGGCTGAATGGAGGTCTTCTGAGCAAGTTGAGAATGGAATCACTTCAACTTCACCTCCTTACTGGGATACTGATGATGATGATGATTGTGGACCAAAGCCTTCTGAGTTATATGGAAAGTATACATGGAAGATAGACAAGTTCTCACAAATTAACAAGAGAGAGCTTCGTAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

942 aa · LXL04_022958|LXL04_022958|OH1004|PROTEIN

MAGSSSEESGVSRSLEGLSNGQQRSGEALAEWRSSEQVENGITSTSPPYWDTDDDDDCGPKPSELYGKYTWKIDKFSQINKRELRSNAFEVGGYKWYILIYPQGCDVCNHLSLFLCVANHDKLLPGWSHFAQFTIAVVNKDPKKSKYSDTLHRFWKKEHDWGWKKFMELSKVLDGFVDADTLIIKAQVQVIRERADRPFRCLDCQYRRELVRVYLSNVEQICRRFVEERRGRLGKLIEDKVRWSSFCGFWSGIDQNSRRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022958`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022958

位置 Chr05:15140563-15145030 (+)

描述 Similar to TRAF1B: TNF receptor-associated factor homolog 1b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04300`	在植物免疫反应的调节中与 TRAF1A 发挥冗余作用。	TRAF Family Proteins Regulate Autophagy Dynamics by Modulating AUTOPHAGY PROTEIN6 Stability in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00056
`At5g43560`	在植物免疫反应的调节中与 TRAF1B 冗余地发挥作用。	TRAF Family Proteins Regulate Autophagy Dynamics by Modulating AUTOPHAGY PROTEIN6 Stability in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00056
`At3g11910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At5g06600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At3g58210`	含MATH结构域和螺旋-螺旋结构域的蛋白质 At3g58210。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0070646 protein modification by small protein removal 生物过程

GO:1905037 autophagosome organization 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04300

ath:AT3G11910

ath:AT3G58210

ath:AT5G06600

ath:AT5G43560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.464

排名 1 · LXL04_022958 · OH-1004

细胞核0.446

排名 2 · LXL04_022958 · OH-1004

细胞膜0.273

排名 3 · LXL04_022958 · OH-1004

内质网0.057

排名 4 · LXL04_022958 · OH-1004

高尔基体0.044

排名 5 · LXL04_022958 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486.3MATH_268-188 aa

PF00917.33MATH73-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022958	`PF22486.3`	MATH_2	68	188	1.6e-33	116.6
LXL04_022958	`PF00917.33`	MATH	73	190	3.9e-22	79.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MQL1`	拟南芥	TNF receptor-associated factor homolog 1b	45.438%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RY18`	拟南芥	TNF receptor-associated factor homolog 1a	47.680%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84WU2`	拟南芥	Ubiquitin C-terminal hydrolase 13	44.094%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FPT1`	拟南芥	Ubiquitin C-terminal hydrolase 12	44.094%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2J5`	拟南芥	MATH domain and coiled-coil domain-containing protein At3g58210	39.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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