LXL04_022919 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022919

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 13613311-13614809 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

633 bp · LXL04_022919|LXL04_022919|OH1004|cDNA

ATGGGCATGGTAGCATTACCATATGAACCGTTTCTCCCTTTCTGTTTCTCTggttttcttcttcCATCCAGAAAAATGTTGTGTGAAGTCGAATGTCTCCAACACGTATTAATTCCAAGAAAAGAAGTCGACACATCAGGAACAATTCCCACAAGTTCAATCGTAACAAAACTTTTAAAACAATTAACAATATACAAAGCCCTAGAAGAATTCGGTTATTTCATCGGCGTAACAAAATTAAAAACGATCAAAAACGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · LXL04_022919|LXL04_022919|OH1004|CDS

ATGGGCATGGTAGCATTACCATATGAACCGTTTCTCCCTTTCTGTTTCTCTGGTTTTCTTCTTCCATCCAGAAAAATGTTGTGTGAAGTCGAATGTCTCCAACACGTATTAATTCCAAGAAAAGAAGTCGACACATCAGGAACAATTCCCACAAGTTCAATCGTAACAAAACTTTTAAAACAATTAACAATATACAAAGCCCTAGAAGAATTCGGTTATTTCATCGGCGTAACAAAATTAAAAACGATCAAAAACGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

210 aa · LXL04_022919|LXL04_022919|OH1004|PROTEIN

MGMVALPYEPFLPFCFSGFLLPSRKMLCEVECLQHVLIPRKEVDTSGTIPTSSIVTKLLKQLTIYKALEEFGYFIGVTKLKTIKNGINLEPKNYINFLVAFNCRTLLPVKGEIMIGIVHSINRFGVFLKSGPMKIVYLSTRKMPNYYYVDEGKPGFLSNDMSRIENDVVVRFVVFATRWNQRTRDIRVLASIEGESLGPISTAGLDGFEV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022919`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022919

位置 Chr05:13613311-13614809 (-)

描述 Similar to NRPD7: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22900`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At4g14660`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At4g14520`	DNA定向的RNA聚合酶亚基7样蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g59180`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0045948 positive regulation of translational initiation 生物过程

GO:0060213 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0000418 RNA polymerase IV complex 细胞组分

GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分

GO:0000428 DNA-directed RNA polymerase complex 细胞组分

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G22900

ath:AT4G14520

ath:AT4G14660

ath:AT5G59180

gmx:100793057

gmx:547985

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.531

排名 1 · LXL04_022919 · OH-1004

细胞核0.440

排名 2 · LXL04_022919 · OH-1004

内质网0.061

排名 3 · LXL04_022919 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 4 · LXL04_022919 · OH-1004

线粒体0.060

排名 5 · LXL04_022919 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LE42`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7	41.379%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A6QRA1`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase V subunit 7	37.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NML5`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase subunit 7-like protein	38.889%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P38421`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase II subunit 7	26.316%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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