LXL04_022819 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022819

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 10228521-10231197 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

609 bp · LXL04_022819|LXL04_022819|OH1004|cDNA

ATGACTCCTGAGTATGACTACCTATTCAAGCTTTTGCTTATTGGAGATTCTGGTGTAGGAAAGTCATGTCTACTCCTCAGGTTTGCTGACGATTCTTACTTGGACAGTTACATAAGCACCATTGGAGTTGATTTTAAAATTCGTACTGTGGAGCAAGATAGCAAGACTATTAAGCTTCAAATATGGGACACTGCTGGGCAAGAACGTTTCAGGACAATCACAAGCAGCTACTACCGAGGGGCACATGGCATCATAGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · LXL04_022819|LXL04_022819|OH1004|CDS

ATGACTCCTGAGTATGACTACCTATTCAAGCTTTTGCTTATTGGAGATTCTGGTGTAGGAAAGTCATGTCTACTCCTCAGGTTTGCTGACGATTCTTACTTGGACAGTTACATAAGCACCATTGGAGTTGATTTTAAAATTCGTACTGTGGAGCAAGATAGCAAGACTATTAAGCTTCAAATATGGGACACTGCTGGGCAAGAACGTTTCAGGACAATCACAAGCAGCTACTACCGAGGGGCACATGGCATCATAGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

202 aa · LXL04_022819|LXL04_022819|OH1004|PROTEIN

MTPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLDSYISTIGVDFKIRTVEQDSKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLSEIDRYASENVNKILVGNKCDLLANKVVSTETAKAFADEIGIPFLETSAKDSTNVEQAFMAMTSSIKDRMASQPSLNASKPPTVNIRGQPVSQNSGCCS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022819`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022819

位置 Chr05:10228521-10231197 (-)

描述 Similar to RABD2C: Ras-related protein RABD2c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17530`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g47200`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At1g02130`	蛋白质运输。	A rab1 GTPase is required for transport between the endoplasmic reticulum and golgi apparatus and for normal golgi movement in plants.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.11.2201 Redistribution of membrane proteins between the Golgi apparatus and endoplasmic reticulum in plants is reversible and not dependent on cytoskeletal networks.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2002.01252.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0558600`	具有GTP酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022819 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02130

ath:AT4G17530

ath:AT5G47200

dosa:Os01g0558600

zma:542396

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.491

排名 1 · LXL04_022819 · OH-1004

高尔基体0.477

排名 2 · LXL04_022819 · OH-1004

溶酶体／液泡0.172

排名 3 · LXL04_022819 · OH-1004

内质网0.148

排名 4 · LXL04_022819 · OH-1004

细胞膜0.133

排名 5 · LXL04_022819 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf9-129 aa

PF00071.29Ras10-170 aa

PF08477.20Roc10-124 aa

PF00009.34GTP_EFTU45-167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022819	`PF00025.28`	Arf	9	129	2.6e-16	60.3
LXL04_022819	`PF00071.29`	Ras	10	170	1.9e-68	229.8
LXL04_022819	`PF08477.20`	Roc	10	124	2.4e-37	128.5
LXL04_022819	`PF00009.34`	GTP_EFTU	45	167	2.3e-07	31.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEH3`	拟南芥	Ras-related protein RABD2c	88.614%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FPJ4`	拟南芥	Ras-related protein RABD2b	87.624%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P28188`	拟南芥	Ras-related protein RABD2a	84.653%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P40392`	水稻	Ras-related protein RIC1	86.634%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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