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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022777
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 8870014-8871687 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1179 bp · LXL04_022777|LXL04_022777|OH1004|cDNA

ATGTCAAAGATCAATGGCAATGGAACATCCGCACATCGTGACTCATCAGCCACTAGGCGCCTTCCTACTCCCGGAAAAGCCACTGTGCTAGCACTCGGCAAGGCCTTTCCCAGCCAACTTATTCCACAGGATTGCTTAGTTGAAGGCTATTTCCGAGACACTAACTGCATGGATCCCGCCATGAAAGAGAAGTTGGAACGCTTGTGCAAAACAACTACCGTGAGAACCAGATACACTGTAATGTCGAAAGAAATCCTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1179 bp · LXL04_022777|LXL04_022777|OH1004|CDS

ATGTCAAAGATCAATGGCAATGGAACATCCGCACATCGTGACTCATCAGCCACTAGGCGCCTTCCTACTCCCGGAAAAGCCACTGTGCTAGCACTCGGCAAGGCCTTTCCCAGCCAACTTATTCCACAGGATTGCTTAGTTGAAGGCTATTTCCGAGACACTAACTGCATGGATCCCGCCATGAAAGAGAAGTTGGAACGCTTGTGCAAAACAACTACCGTGAGAACCAGATACACTGTAATGTCGAAAGAAATCCTAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

392 aa · LXL04_022777|LXL04_022777|OH1004|PROTEIN

MSKINGNGTSAHRDSSATRRLPTPGKATVLALGKAFPSQLIPQDCLVEGYFRDTNCMDPAMKEKLERLCKTTTVRTRYTVMSKEILDKYPELATEGTATISQRLSIANQAVTEMAKDASLACIKQWGRSTEDITHVVYVSSSEIRLPGGDLYLASELGLRNDVNRVMLYFLGCYGGVTGLRIAKDIAENNPGSRVLLTTSETTILGFRPPNKSRPYDLVGAALFGDGAAAAIIGADPLPSESPFLELSYAVQQFLPGTQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022777
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022777
位置Chr05:8870014-8871687 (+)
描述Similar to PKSA: Type III polyketide synthase A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02050 植物 III 型聚酮合酶 ，催化丙二酰辅酶 A 单元与各种辅酶 A 酯起始分子的缩合，生成多种天然产物，包括长链烷基 α-吡喃酮。
Structure function analysis of novel type III polyketide synthases from Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1248/bpb.31.2205
LAP5 and LAP6 encode anther-specific proteins with similarity to chalcone synthase essential for pollen exine development in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.157446
LAP6/POLYKETIDE SYNTHASE A and LAP5/POLYKETIDE SYNTHASE B encode hydroxyalkyl α-pyrone synthases required for pollen development and sporopollenin biosynthesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.080028
At4g00040 植物 III 型聚酮合酶 (PKS)，催化丙二酰辅酶 A 单元与各种辅酶 A 酯起始分子的缩合，生成多种天然产物，包括长链烷基 α-吡喃酮。 暂无已核实直接文献
At4g34850 植物 III 型聚酮合酶 ，催化丙二酰辅酶 A 单元与各种辅酶 A 酯起始分子的缩合，生成多种天然产物，包括长链烷基 α-吡喃酮。
Structure function analysis of novel type III polyketide synthases from Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1248/bpb.31.2205
LAP5 and LAP6 encode anther-specific proteins with similarity to chalcone synthase essential for pollen exine development in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.157446
LAP6/POLYKETIDE SYNTHASE A and LAP5/POLYKETIDE SYNTHASE B encode hydroxyalkyl α-pyrone synthases required for pollen development and sporopollenin biosynthesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.080028

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0411300 植物 III 型聚酮化合物合酶 ，催化脂肪酰辅酶 A 与丙二酰辅酶 A 缩合，生成三酮化合物和四酮化合物 α-吡喃酮，它们是花粉外壁的主要成分和潜在的孢粉质前体。
The polyketide synthase OsPKS2 is essential for pollen exine and Ubisch body patterning in rice.2017 · DOI: 10.1111/jipb.12574
OsPKS2 is required for rice male fertility by participating in pollen wall formation.2018 · DOI: 10.1007/s00299-018-2265-x
Os10g0484800 植物 III 型聚酮化合物合酶 ，催化脂肪酰辅酶 A 与丙二酰辅酶 A 缩合，生成三酮化合物和四酮化合物 α-吡喃酮，它们是花粉外壁的主要成分和潜在的孢粉质前体。
Conserved metabolic steps for sporopollenin precursor formation in tobacco and rice.2013 · DOI: 10.1111/ppl.12018
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022777 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程
GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程
GO:0010584 pollen exine formation 生物过程
GO:0030639 polyketide biosynthetic process 生物过程
GO:0080110 sporopollenin biosynthetic process 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0016747 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 分子功能
GO:0090439 tetraketide alpha-pyrone synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02050
ath:AT4G00040
ath:AT4G34850
dosa:Os07g0411300
dosa:Os10g0484800
osa:4343009
osa:4348937
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.334
排名 1 · LXL04_022777 · OH-1004
过氧化物酶体0.261
排名 2 · LXL04_022777 · OH-1004
内质网0.202
排名 3 · LXL04_022777 · OH-1004
细胞核0.133
排名 4 · LXL04_022777 · OH-1004
线粒体0.129
排名 5 · LXL04_022777 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00195.26Chal_sti_synt_N18-237 aa
PF02797.22Chal_sti_synt_C246-391 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022777PF00195.26Chal_sti_synt_N182372.2e-106355.1
LXL04_022777PF02797.22Chal_sti_synt_C2463912.6e-63213.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O23674拟南芥Type III polyketide synthase A75.573%Swiss-Prot强数据库同源证据
O81305拟南芥Type III polyketide synthase C72.267%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8LDM2拟南芥Type III polyketide synthase B68.617%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8H305水稻Type III polyketide synthase 1061.347%Swiss-Prot强数据库同源证据
A3C5V6水稻Type III polyketide synthase 2163.731%Swiss-Prot强数据库同源证据

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