LXL04_022529 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022529

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 267762-276907 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3792 bp · LXL04_022529|LXL04_022529|OH1004|cDNA

ATGAACACGAACGAAGCCAGAACTTCCGGCGGCGGTAAATTTCACACCGTGCAGCCTCTTCGCGACTTAAAATCAAATTGGGAGGTAGATCTTGCCAATGATCTCCAAGAGTATTTGCTAAAGATATGCTCCGGTGAGATTACCGGCGGTGAAGATGATAGTCACCTATCTGTGAATTTCGCGGAAGCTGCGTTGCTGCTTCAAGGTTCAATTCAGGTGTACAGCCGGAAGGTTGAATATCTGTATTCCTTGGTTCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3792 bp · LXL04_022529|LXL04_022529|OH1004|CDS

ATGAACACGAACGAAGCCAGAACTTCCGGCGGCGGTAAATTTCACACCGTGCAGCCTCTTCGCGACTTAAAATCAAATTGGGAGGTAGATCTTGCCAATGATCTCCAAGAGTATTTGCTAAAGATATGCTCCGGTGAGATTACCGGCGGTGAAGATGATAGTCACCTATCTGTGAATTTCGCGGAAGCTGCGTTGCTGCTTCAAGGTTCAATTCAGGTGTACAGCCGGAAGGTTGAATATCTGTATTCCTTGGTTCTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1263 aa · LXL04_022529|LXL04_022529|OH1004|PROTEIN

MNTNEARTSGGGKFHTVQPLRDLKSNWEVDLANDLQEYLLKICSGEITGGEDDSHLSVNFAEAALLLQGSIQVYSRKVEYLYSLVLHALEFISQQSQQHDKPDNTPNQEEETTPGVTPIESDDSFWVSDDIPIDAKNSLDRSKDSNTPLNSHVKPPANLVVLEGDCLDTSGDSGELESYLLATNDLYKDFILLDGCDAITVDEFLSGNDEINKNKNNSRGSSIGSKSRKTFMSPSRRSGGLFMSPNKRSAGKGVDPGQSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022529`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022529

位置 Chr05:267762-276907 (+)

描述 Similar to CAPH2: Condensin-2 complex subunit H2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16730`	凝缩素-2 复合物的调节亚基，该复合物似乎为染色体提供额外的组织和刚性，并在建立有丝分裂染色体结构中起作用（通过相似性）。	Condensin II alleviates DNA damage and is essential for tolerance of boron overload stress in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086314
`At5g27870`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At5g49180`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At3g05610`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At3g06830`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022529 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0045739 positive regulation of DNA repair 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0051306 mitotic sister chromatid separation 生物过程

GO:0000793 condensed chromosome 细胞组分

GO:0000796 condensin complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05610

ath:AT3G06830

ath:AT3G16730

ath:AT5G27870

ath:AT5G49180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.663

排名 1 · LXL04_022529 · OH-1004

细胞质0.176

排名 2 · LXL04_022529 · OH-1004

内质网0.106

排名 3 · LXL04_022529 · OH-1004

细胞膜0.103

排名 4 · LXL04_022529 · OH-1004

细胞外0.043

排名 5 · LXL04_022529 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06278.17CNDH2_N14-132 aa

PF16869.11CNDH2_M154-295 aa

PF16858.12CNDH2_C453-584 aa

PF04043.21PMEI753-900 aa

PF01095.26Pectinesterase951-1246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022529	`PF06278.17`	CNDH2_N	14	132	7.5e-41	139.6
LXL04_022529	`PF16869.11`	CNDH2_M	154	295	2.9e-25	90.3
LXL04_022529	`PF16858.12`	CNDH2_C	453	584	5.9e-38	130.5
LXL04_022529	`PF04043.21`	PMEI	753	900	5.9e-28	98.7
LXL04_022529	`PF01095.26`	Pectinesterase	951	1246	1.6e-124	415.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUR0`	拟南芥	Condensin-2 complex subunit H2	50.815%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q3E8Z8`	拟南芥	Putative pectinesterase/pectinesterase inhibitor 28	45.225%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJ21`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 58	45.357%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GX86`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 21	43.268%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GXA1`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 23	41.637%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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