LXL04_022293 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022293

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147710617-147714388 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1575 bp · LXL04_022293|LXL04_022293|OH1004|cDNA

ATGGGTATTTGTTGGTCTTTCCTAAAGCCTCATCGAAGCCAAGATATCCCGATTTCATCACCTTCACCCCCTCACCACCATCTTCCTGATCAAGAAAGAACATACTATCCGATCCCCAGCATGTTCGACCCAAAGAAAACCATCAAGAACCATGAAAACGGATCCATTCTAGGAAAGGAGTACGTCGATCTAAATAAAGTTTACCATATCGGGAAAGAATTAGGGAGAGGACAGTTTGGTATCACGTATCTTTGCACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1575 bp · LXL04_022293|LXL04_022293|OH1004|CDS

ATGGGTATTTGTTGGTCTTTCCTAAAGCCTCATCGAAGCCAAGATATCCCGATTTCATCACCTTCACCCCCTCACCACCATCTTCCTGATCAAGAAAGAACATACTATCCGATCCCCAGCATGTTCGACCCAAAGAAAACCATCAAGAACCATGAAAACGGATCCATTCTAGGAAAGGAGTACGTCGATCTAAATAAAGTTTACCATATCGGGAAAGAATTAGGGAGAGGACAGTTTGGTATCACGTATCTTTGCACTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

524 aa · LXL04_022293|LXL04_022293|OH1004|PROTEIN

MGICWSFLKPHRSQDIPISSPSPPHHHLPDQERTYYPIPSMFDPKKTIKNHENGSILGKEYVDLNKVYHIGKELGRGQFGITYLCTEKSSGLKYACKSISKRKLVTKKDMDDVRREIMMLQHLTGQPNIVEFRGAYEDESSVHLVMELCNGGELFDRITKKGSYSEKEAAKIGRQIVNVVHVCHFMGVMHRDLKPENFLMVSQDEASPLKATDFGLSVFIEEGIIYKEIVGSAYYVAPEVLCRHYGKETDVWSAGVILYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022293`
TK1151 ID	TkA05G457060
OH-1004 ID	LXL04_022293
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022293

位置 Chr04:147710617-147714388 (-)

描述 Similar to CPK29: Calcium-dependent protein kinase 29

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76040`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g20410`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g50700`	Ca²⁺-依赖性蛋白激酶。	THI1, a Thiamine Thiazole Synthase, Interacts with Ca2+-Dependent Protein Kinase CPK33 and Modulates the S-Type Anion Channels and Stomatal Closure in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01649

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0515100`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022293 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50700

ath:AT1G76040

ath:AT3G20410

dosa:Os07g0515100

osa:4343373

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.517

排名 1 · LXL04_022293 · OH-1004

细胞质0.355

排名 2 · LXL04_022293 · OH-1004

细胞核0.198

排名 3 · LXL04_022293 · OH-1004

高尔基体0.082

排名 4 · LXL04_022293 · OH-1004

内质网0.073

排名 5 · LXL04_022293 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase68-326 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr69-319 aa

PF21008.4AIF-1351-435 aa

PF12763.14EH369-434 aa

PF13499.13EF-hand_7374-435 aa

PF00036.39EF-hand_1375-402 aa

PF13405.13EF-hand_6375-403 aa

PF13202.13EF-hand_5375-397 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022293	`PF00069.32`	Pkinase	68	326	7.8e-78	262.2
LXL04_022293	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	69	319	4.4e-28	99.0
LXL04_022293	`PF21008.4`	AIF-1	351	435	6.1e-07	30.5
LXL04_022293	`PF12763.14`	EH	369	434	2.8e-10	40.7
LXL04_022293	`PF13499.13`	EF-hand_7	374	435	3e-32	111.5
LXL04_022293	`PF00036.39`	EF-hand_1	375	402	3.1e-34	114.7
LXL04_022293	`PF13405.13`	EF-hand_6	375	403	2.7e-27	92.5
LXL04_022293	`PF13202.13`	EF-hand_5	375	397	9.3e-26	88.8
LXL04_022293	`PF13833.13`	EF-hand_8	387	434	7.7e-16	58.3
LXL04_022293	`PF00036.39`	EF-hand_1	410	435	3.1e-34	114.7
LXL04_022293	`PF13499.13`	EF-hand_7	444	507	3e-32	111.5
LXL04_022293	`PF13405.13`	EF-hand_6	447	475	2.7e-27	92.5
LXL04_022293	`PF00036.39`	EF-hand_1	448	472	3.1e-34	114.7
LXL04_022293	`PF13202.13`	EF-hand_5	448	469	9.3e-26	88.8
LXL04_022293	`PF13833.13`	EF-hand_8	459	508	7.7e-16	58.3
LXL04_022293	`PF00036.39`	EF-hand_1	482	508	3.1e-34	114.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWL2`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 29	75.870%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38868`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 9	63.993%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6P3`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 33	65.184%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P53683`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 19	71.616%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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