LXL04_022197 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022197

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 145971944-145973417 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

717 bp · LXL04_022197|LXL04_022197|OH1004|cDNA

ATGGCAGATAAGGTTGCAGACGCGATGTTGACCGCCGCTGATAAAGCTCCGGTGACCTCCGACAGAAAGATTCGGTCAGACCTCGACAACAAGCTCCCTAAGCCATatatggcacGAGCGGTGACTGCCCCTGATACTGATAATCCGAATGGAACATTCGGACATAAACATCATAGTATGTCGGTTCTTCAGCAACACGTGGCATTCTTTGACCAGGATAACAACGGGATCATCTTCCCATGGGAGACTTTTAAAGGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

717 bp · LXL04_022197|LXL04_022197|OH1004|CDS

ATGGCAGATAAGGTTGCAGACGCGATGTTGACCGCCGCTGATAAAGCTCCGGTGACCTCCGACAGAAAGATTCGGTCAGACCTCGACAACAAGCTCCCTAAGCCATATATGGCACGAGCGGTGACTGCCCCTGATACTGATAATCCGAATGGAACATTCGGACATAAACATCATAGTATGTCGGTTCTTCAGCAACACGTGGCATTCTTTGACCAGGATAACAACGGGATCATCTTCCCATGGGAGACTTTTAAAGGGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

238 aa · LXL04_022197|LXL04_022197|OH1004|PROTEIN

MADKVADAMLTAADKAPVTSDRKIRSDLDNKLPKPYMARAVTAPDTDNPNGTFGHKHHSMSVLQQHVAFFDQDNNGIIFPWETFKGCRDIGFNPVASFFVMVYAHLAMSYVTLPTWLPSPFFPIYIENIHKAKHGSDSATYDTEGRFIPSNLENIFSKYGRTVPDKLTFKELWHMTDATRNAFDFFGWIAGKFEWLALYLLAKDSEGFLSKESVRRCFDGSLFEYCAKMQRGDAGKKD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022197`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022197

位置 Chr04:145971944-145973417 (+)

描述 Similar to PXG3: Probable peroxygenase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33380`	可能的钙结合过氧化酶。	RD20, a stress-inducible caleosin, participates in stomatal control, transpiration and drought tolerance in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq155
`At4g26740`	钙结合过氧酶参与油体中储存脂质的降解。	暂无已核实直接文献
`At5g55240`	钙结合过氧酶参与油体中储存脂质的降解。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0511200`	钙结合过氧酶参与油体中储存脂质的降解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022197 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009269 response to desiccation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0010888 negative regulation of lipid storage 生物过程

GO:0031407 oxylipin metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33380

ath:AT4G26740

ath:AT5G55240

dosa:Os04g0511200

sind:105171741

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.705

排名 1 · LXL04_022197 · OH-1004

线粒体0.158

排名 2 · LXL04_022197 · OH-1004

细胞质0.133

排名 3 · LXL04_022197 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 4 · LXL04_022197 · OH-1004

细胞核0.089

排名 5 · LXL04_022197 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05042.20Caleosin59-226 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022197	`PF05042.20`	Caleosin	59	226	1.9e-76	256.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22788`	拟南芥	Probable peroxygenase 3	64.378%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81270`	拟南芥	Peroxygenase 1	65.929%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FLN9`	拟南芥	Peroxygenase 2	66.216%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7FAX1`	水稻	Peroxygenase	59.556%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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