LXL04_022048 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022048

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 144024665-144026787 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1364 bp · LXL04_022048|LXL04_022048|OH1004|cDNA

AAGAGTTTCATTTCGCTTGTTTTACGCACCAGGTGGATCGTACCCTGTATCCCTCCCCTCCTCCGCTATTTCCCACCATCCGGCGAAGGCGTCACCGCCAGCGTTTGATCGCTCTACTTTGTATCATCGTCGCCGATTCGATGCAAAAAGTCAGAACACTCGCTTTCATCTTAAGTTCTTAATACACGATGTCGGTACACGATCAAGCAGCCGTCGCAGTCCTATCTCAAGTAGCCCTAGCCGCCGATGGCGCAGTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1176 bp · LXL04_022048|LXL04_022048|OH1004|CDS

ATGTCGGTACACGATCAAGCAGCCGTCGCAGTCCTATCTCAAGTAGCCCTAGCCGCCGATGGCGCAGTTCTTGGTTTATCCTTAGCGTACATTGCAGTCCGCAGCCTCCTAAAGTTCAAGACGACCTCATCCGCCTTGAACAAAGTAAAAAAGGCACCTTCTGTAAGCGTCTCGGATCTCCGTTTTGTCCTCTCTCATGCTTCCGATGAAGATACAGACACGACTACTTTGAGTGATGAGAAGATCGTCATCGTTCGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

391 aa · LXL04_022048|LXL04_022048|OH1004|PROTEIN

MSVHDQAAVAVLSQVALAADGAVLGLSLAYIAVRSLLKFKTTSSALNKVKKAPSVSVSDLRFVLSHASDEDTDTTTLSDEKIVIVRGVVETKSVVNGNWKKQNVLVSHESNEKAVILQRTQTCIYNEWRGFFGWTSDFRSLFARHWKEQESSSIRTVPFVLVDGGFWPQSDYLSVNLDGSNHPLPLTTVYHNLQPVTASPYTFLQAFFGHEYPVGLLDEEKILPVGKEISAVGLVSLKNGIPEVMACKDLPFFLSNMSKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022048`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022048

位置 Chr04:144024665-144026787 (-)

描述 Similar to SPL2: E3 ubiquitin-protein ligase SPL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54150`	具有 E3 泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g59560`	具有 E3 泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022048 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0009893 positive regulation of metabolic process 生物过程

GO:0010637 negative regulation of mitochondrial fusion 生物过程

GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0033235 positive regulation of protein sumoylation 生物过程

GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程

GO:0050689 negative regulation of defense response to virus by host 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54150

ath:AT1G59560

dme:Dmel_CG1134

hsa:79594

xla:414680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.386

排名 1 · LXL04_022048 · OH-1004

内质网0.196

排名 2 · LXL04_022048 · OH-1004

质体0.152

排名 3 · LXL04_022048 · OH-1004

细胞质0.147

排名 4 · LXL04_022048 · OH-1004

细胞核0.139

排名 5 · LXL04_022048 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12483.14GIDE140-287 aa

PF13920.13zf-C3HC4_3336-384 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022048	`PF12483.14`	GIDE	140	287	8e-37	126.9
LXL04_022048	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	336	384	1.5e-13	51.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYH3`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SPL2	46.819%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94HV7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SPL1	25.862%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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