LXL04_022045 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022045

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 143931449-143935444 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1653 bp · LXL04_022045|LXL04_022045|OH1004|cDNA

ATGGGGTTTATCGGCGTTTTTTTGGGAATCGTTGGGGTCGGAATCGGGATTGTTGTTGGTCTTTGCCTTGGGTTTTACTTCTTCATCTATTCCGACCCCAAAAACGAACCATTCGAGGATCCTATCGTCAAGCCAATTTCCGAACTTGATACAACTAGTCTACAAGATTTATTACCCGAGATACCTCTATGGTTAAAGAATCCTGATTACGATCGTGTCGACTGGCTTAACGCATTTGTTTTAAATATGTGGCCTTATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · LXL04_022045|LXL04_022045|OH1004|CDS

ATGGGGTTTATCGGCGTTTTTTTGGGAATCGTTGGGGTCGGAATCGGGATTGTTGTTGGTCTTTGCCTTGGGTTTTACTTCTTCATCTATTCCGACCCCAAAAACGAACCATTCGAGGATCCTATCGTCAAGCCAATTTCCGAACTTGATACAACTAGTCTACAAGATTTATTACCCGAGATACCTCTATGGTTAAAGAATCCTGATTACGATCGTGTCGACTGGCTTAACGCATTTGTTTTAAATATGTGGCCTTATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

550 aa · LXL04_022045|LXL04_022045|OH1004|PROTEIN

MGFIGVFLGIVGVGIGIVVGLCLGFYFFIYSDPKNEPFEDPIVKPISELDTTSLQDLLPEIPLWLKNPDYDRVDWLNAFVLNMWPYLDKAICAAIRQSTEPIVADYVGQGHRPIESITFETLSLGTLPPIFQGIKVYETNENQLVMEPAIKWAGNPNIVIAVKISYFRIKIQLVDLQVFVLPRVTLKPLVSAFPCFANVVVSLLEKPHVDFGLKVLGGDIMAIPGLDRLVQEIIKKEVAKLYLWPQTLQIPILDSSLCVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022045`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022045

位置 Chr04:143931449-143935444 (-)

描述 Similar to SYT3: Synaptotagmin-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04220`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`At1g20080`	可能在调节非常规蛋白质从细胞质到细胞外基质的运输中发挥重要作用。	Golgi apparatus-localized synaptotagmin 2 is required for unconventional secretion in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0026477
`At2g20990`	在冰冻和渗透胁迫期间维持质膜完整性中起重要作用。	Arabidopsis synaptotagmin 1 is required for the maintenance of plasma membrane integrity and cell viability.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063859 Calcium-dependent freezing tolerance in Arabidopsis involves membrane resealing via synaptotagmin SYT1.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.062679 Arabidopsis synaptotagmin SYTA regulates endocytosis and virus movement protein cell-to-cell transport.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909080107 Arabidopsis synaptotagmin SYT1, a type I signal-anchor protein, requires tandem C2 domains for delivery to the plasma membrane.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m109.084046
`At1g05500`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`At5g11100`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程

GO:0061817 endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05500

ath:AT1G20080

ath:AT2G20990

ath:AT5G04220

ath:AT5G11100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.660

排名 1 · LXL04_022045 · OH-1004

细胞质0.224

排名 2 · LXL04_022045 · OH-1004

内质网0.150

排名 3 · LXL04_022045 · OH-1004

细胞核0.087

排名 4 · LXL04_022045 · OH-1004

高尔基体0.087

排名 5 · LXL04_022045 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17047.12SMP_LBD69-252 aa

PF25669.2SMP_MUG190-like183-250 aa

PF00168.37C2265-364 aa

PF00168.37C2432-532 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022045	`PF17047.12`	SMP_LBD	69	252	7.9e-18	65.3
LXL04_022045	`PF25669.2`	SMP_MUG190-like	183	250	7.8e-09	36.1
LXL04_022045	`PF00168.37`	C2	265	364	7.9e-45	152.1
LXL04_022045	`PF00168.37`	C2	432	532	7.9e-45	152.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7XA06`	拟南芥	Synaptotagmin-3	58.652%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B6ETT4`	拟南芥	Synaptotagmin-2	51.455%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SKR2`	拟南芥	Synaptotagmin-1	51.268%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L706`	拟南芥	Synaptotagmin-5	31.469%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0JJX5`	拟南芥	Synaptotagmin-4	32.236%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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