LXL04_021999 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021999

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 142253482-142256809 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1017 bp · LXL04_021999|LXL04_021999|OH1004|cDNA

ATGCCCTTCACCCTCCTCAAACTCACAACCGTATATTCGATTTCCCTCCACCACCGGCGTCAATACTGGTGGCTAGGTCGCGCAATCGCCACCGGGAGGTCTAAGACGCCACCTCCGATGTGCTCGAGCTGGTGGAGGACAACAACCTGTGTGACCCCAGCGCACGATAATAATAGCAACGAAAATAACAGTAATAACAGACTAGGGTTTCGTGGTCAGAAAAATTTGAGATATACGTCTAAAGATAAAGTAGGAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · LXL04_021999|LXL04_021999|OH1004|CDS

ATGCCCTTCACCCTCCTCAAACTCACAACCGTATATTCGATTTCCCTCCACCACCGGCGTCAATACTGGTGGCTAGGTCGCGCAATCGCCACCGGGAGGTCTAAGACGCCACCTCCGATGTGCTCGAGCTGGTGGAGGACAACAACCTGTGTGACCCCAGCGCACGATAATAATAGCAACGAAAATAACAGTAATAACAGACTAGGGTTTCGTGGTCAGAAAAATTTGAGATATACGTCTAAAGATAAAGTAGGAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · LXL04_021999|LXL04_021999|OH1004|PROTEIN

MPFTLLKLTTVYSISLHHRRQYWWLGRAIATGRSKTPPPMCSSWWRTTTCVTPAHDNNSNENNSNNRLGFRGQKNLRYTSKDKVGGNAFNGGRVSMGSVNNDNRDDKRTTENDRGSGVASTLSSDNHRHLKPAPSKQNPSTKLLTLPTILTIGRVAAIPVIVCTFYMNSRLGTTVTTGIFIAAAITDWLDGYLARKMNLGTAFGAFLDPVADKLMVATTLVLLCTKPPEASMLGDLPWLLTVPSIAVIGREITMSAVREW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021999`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021999

位置 Chr04:142253482-142256809 (+)

描述 Similar to PGPS2: CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55030`	催化合成酸性磷脂的关键步骤。	暂无已核实直接文献
`At2g39290`	催化合成酸性磷脂（包括磷脂基甘油 (PG)）的关键步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0283600`	通过将磷脂酰基从CDP-二酰甘油特异性转移至磷脂酰甘油（PG），催化心磷脂（CL，二磷脂酰甘油）的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021999 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006655 phosphatidylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0006661 phosphatidylinositol biosynthetic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009772 photosynthetic electron transport in photosystem II 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0046474 glycerophospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39290

ath:AT3G55030

dosa:Os03g0283600

sec:SCH_1948

stm:STM1945

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.905

排名 1 · LXL04_021999 · OH-1004

细胞质0.039

排名 2 · LXL04_021999 · OH-1004

细胞核0.037

排名 3 · LXL04_021999 · OH-1004

质体0.035

排名 4 · LXL04_021999 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 5 · LXL04_021999 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01066.27CDP-OH_P_transf145-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021999	`PF01066.27`	CDP-OH_P_transf	145	303	1e-29	104.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2W3`	拟南芥	CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 2	66.809%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80952`	拟南芥	CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 1, chloroplastic/mitochondrial	77.551%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H8U0`	水稻	Cardiolipin synthase (CMP-forming)	74.074%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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