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基因概览

LXL04_021998

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 142244764-142250607 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1332 bp · LXL04_021998|LXL04_021998|OH1004|cDNA

ATGGATCGGCCGGCGAGTTTACTCGACGAAGCTCTAGGTTTCGAAGACGGCGACTCGAAAAGCCGGCAGCCACGGGAAGGACGCGTTGTTCTACTGGAGGACTGCGTCGAAACTAGCGGCGCGTTTGTGCTACACCACCTTATAAAACGGTTTCTCTCTCCTAATCATTCGTCCTCCGACAGTGTCGTCATTTTTGTAGCATTCGCTCAACCTTTTTCTCACTACGACCGTATCCTGCGTAAGATGGGTTGCAACTTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1332 bp · LXL04_021998|LXL04_021998|OH1004|CDS

ATGGATCGGCCGGCGAGTTTACTCGACGAAGCTCTAGGTTTCGAAGACGGCGACTCGAAAAGCCGGCAGCCACGGGAAGGACGCGTTGTTCTACTGGAGGACTGCGTCGAAACTAGCGGCGCGTTTGTGCTACACCACCTTATAAAACGGTTTCTCTCTCCTAATCATTCGTCCTCCGACAGTGTCGTCATTTTTGTAGCATTCGCTCAACCTTTTTCTCACTACGACCGTATCCTGCGTAAGATGGGTTGCAACTTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

443 aa · LXL04_021998|LXL04_021998|OH1004|PROTEIN

MDRPASLLDEALGFEDGDSKSRQPREGRVVLLEDCVETSGAFVLHHLIKRFLSPNHSSSDSVVIFVAFAQPFSHYDRILRKMGCNLAVQRENKRLIFFDMLMLECPDDDGTEGGLLALYGNIHKAVEFNSLNKNITIIIDDISLLEVAANGSTKDVLNFMHYCHTLTTQFGCTIITVIHDDIYSSEDGFTLPTQLEYLSDITIKAEPLVTGLAADIHGQLTVLNKGLGRWKGKIRNFHYRVKENSVPSASNGDLSNYLKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021998`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021998

位置 Chr04:142244764-142250607 (-)

描述 Similar to ELP6: Elongator complex protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10090`	延伸子复合物的组分，是mcm5U（5-甲氧羰基甲基尿苷）、mcm5s2U（5-甲氧羰基甲基-2-硫代尿苷）及ncm5U（5-氨甲酰甲基尿苷）等多种tRNA修饰所必需的（基于相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g58440`	可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。	Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200 Identification of the Arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant reveals a central role for sterols in drought tolerance and regulation of reactive oxygen species.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03849.x Analysis of the arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant suggests a role for sterols in signaling.2009 · DOI: 10.4161/psb.4.9.9425
`At2g22830`	催化角鲨烯立体专一性氧化生成（S）-2,3-环氧角鲨烯，被认为是类固醇生物合成中的限速酶。	Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021998 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58440

ath:AT2G22830

ath:AT4G10090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.300

排名 1 · LXL04_021998 · OH-1004

细胞质0.252

排名 2 · LXL04_021998 · OH-1004

线粒体0.205

排名 3 · LXL04_021998 · OH-1004

内质网0.147

排名 4 · LXL04_021998 · OH-1004

细胞核0.145

排名 5 · LXL04_021998 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09807.16ELP622-242 aa

PF08491.17SE241-428 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021998	`PF09807.16`	ELP6	22	242	9.4e-30	104.6
LXL04_021998	`PF08491.17`	SE	241	428	1.9e-55	188.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L9Y2`	拟南芥	Elongator complex protein 6	52.140%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SM02`	拟南芥	Squalene epoxidase 1	49.590%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81000`	拟南芥	Squalene epoxidase 2, mitochondrial	46.694%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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