LXL04_021942 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021942

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 140776046-140788394 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7602 bp · LXL04_021942|LXL04_021942|OH1004|cDNA

ATGGATCGTGATACATGGATGTATGAAATATCACGTGCTACCAAAGGGTTTTTAGCCGGTTTGAAAGATTTTCTTAAGATCGCAGAGGATAATCGAAAGAGTAAAGGAGAAAGTCATATATGGTGTCCTTGTAAATTATGTCAGAATTGTCAAAAGTTTATTGATTCTAAAATAATACAAGGACATCTAATATGTGAAGGGTTTATGGGTGGGTATACATGTTGGTCTCGACATGGTGAACTATTGATTGACGATAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

7602 bp · LXL04_021942|LXL04_021942|OH1004|CDS

ATGGATCGTGATACATGGATGTATGAAATATCACGTGCTACCAAAGGGTTTTTAGCCGGTTTGAAAGATTTTCTTAAGATCGCAGAGGATAATCGAAAGAGTAAAGGAGAAAGTCATATATGGTGTCCTTGTAAATTATGTCAGAATTGTCAAAAGTTTATTGATTCTAAAATAATACAAGGACATCTAATATGTGAAGGGTTTATGGGTGGGTATACATGTTGGTCTCGACATGGTGAACTATTGATTGACGATAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2533 aa · LXL04_021942|LXL04_021942|OH1004|PROTEIN

MDRDTWMYEISRATKGFLAGLKDFLKIAEDNRKSKGESHIWCPCKLCQNCQKFIDSKIIQGHLICEGFMGGYTCWSRHGELLIDDNTSVPKCKRNDDDTSHLDDDNHDGLEDMLHDVEDNVAEKDYEKFQQLFVDSEKPVYPGCTKFTKLSTVLRLFNFKANNGWSDKSFTGLLEFLHELLPEGNEIPISLYQAKKLLCPMGMEIERIHACPNDCILYRNEYADLHECVTCGTSRYKQKNDTEKNEDVTKNGPPAKLLWY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021942`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021942

位置 Chr04:140776046-140788394 (+)

描述 Similar to HSP70-1: Heat shock 70 kDa protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02500`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Physiological and molecular assessment of altered expression of Hsc70-1 in Arabidopsis. Evidence for pleiotropic consequences.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019398 Interaction between SGT1 and cytosolic/nuclear HSC70 chaperones regulates Arabidopsis immune responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051896 WPP-domain proteins mimic the activity of the HSC70-1 chaperone in preventing mistargeting of RanGAP1-anchoring protein WIT1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143404 The cytosolic/nuclear HSC70 and HSP90 molecular chaperones are important for stomatal closure and modulate abscisic acid-dependent physiological responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.174425
`At5g02490`	在其他分子伴侣的协作下，Hsp70s 是促进新合成蛋白折叠、协助前体蛋白转运到细胞器，并在应激条件下负责损伤蛋白降解的关键成分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021942 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02490

ath:AT5G02500

sly:101247772

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.914

排名 1 · LXL04_021942 · OH-1004

细胞质0.157

排名 2 · LXL04_021942 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_021942 · OH-1004

线粒体0.022

排名 4 · LXL04_021942 · OH-1004

细胞外0.016

排名 5 · LXL04_021942 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13963.12Transpos_assoc5-80 aa

PF02992.21Transposase_21290-502 aa

PF13960.12DUF4218680-785 aa

PF13952.12DUF4216953-1016 aa

PF26133.1DUF80391480-1569 aa

PF02902.26Peptidase_C481761-1858 aa

PF00012.27HSP701893-2502 aa

PF06723.20MreB_Mbl2026-2264 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021942	`PF13963.12`	Transpos_assoc	5	80	2.7e-20	73.0
LXL04_021942	`PF02992.21`	Transposase_21	290	502	3.5e-86	288.5
LXL04_021942	`PF13960.12`	DUF4218	680	785	1.6e-34	118.9
LXL04_021942	`PF13952.12`	DUF4216	953	1016	1.4e-15	58.3
LXL04_021942	`PF26133.1`	DUF8039	1480	1569	1.9e-25	89.9
LXL04_021942	`PF02902.26`	Peptidase_C48	1761	1858	3.3e-08	34.3
LXL04_021942	`PF00012.27`	HSP70	1893	2502	9.6e-259	860.3
LXL04_021942	`PF06723.20`	MreB_Mbl	2026	2264	2.2e-14	53.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P22953`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 1	88.633%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P22954`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 2	88.361%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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