LXL04_021874 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021874

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138975765-138976925 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

579 bp · LXL04_021874|LXL04_021874|OH1004|cDNA

ATGATTCACGCTCTGCGAAACGTTGATCTATGGTTTACGCCTGTGGCTCCTCCGATTATTTGTGCCTCTGCCACTGAAGAGCTTGGATCTCTACGAACAATGGCTGAACAGACGGAGAAGGCGTTTTTGAAGCAACCTAAGGTGTTCATCTGTTCGAAGAAAAGCGGGAAAGGAAAGAGGCCTGGGAAGGGCGGAAACAGATTCTGGAAGAGTGTTGGTCTTGGATTCAAGACACCAAGAGAGGCCATTGAAGGAACTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · LXL04_021874|LXL04_021874|OH1004|CDS

ATGATTCACGCTCTGCGAAACGTTGATCTATGGTTTACGCCTGTGGCTCCTCCGATTATTTGTGCCTCTGCCACTGAAGAGCTTGGATCTCTACGAACAATGGCTGAACAGACGGAGAAGGCGTTTTTGAAGCAACCTAAGGTGTTCATCTGTTCGAAGAAAAGCGGGAAAGGAAAGAGGCCTGGGAAGGGCGGAAACAGATTCTGGAAGAGTGTTGGTCTTGGATTCAAGACACCAAGAGAGGCCATTGAAGGAACTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · LXL04_021874|LXL04_021874|OH1004|PROTEIN

MIHALRNVDLWFTPVAPPIICASATEELGSLRTMAEQTEKAFLKQPKVFICSKKSGKGKRPGKGGNRFWKSVGLGFKTPREAIEGTYIDKKCPFTGDVSIRGRILSGTCNSAKMVRTIIVRRDYFHFVKKYQRYEKRHSNTPAHVSPCFRVKEGDRVTIGQCRPLSKTVRFNVLKVTPAGSSGTGKKAFTGM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021874`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021874

位置 Chr04:138975765-138976925 (-)

描述 Similar to RPS11B: 40S ribosomal protein S11-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30800`	小核糖体亚基蛋白uS17y。	暂无已核实直接文献
`At5g23740`	小核糖体亚基蛋白 uS17x。	暂无已核实直接文献
`At3g48930`	小核糖体亚基蛋白 uS17z。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021874 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能

GO:0019843 rRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48930

ath:AT4G30800

ath:AT5G23740

gmx:547984

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.750

排名 1 · LXL04_021874 · OH-1004

质体0.187

排名 2 · LXL04_021874 · OH-1004

细胞质0.035

排名 3 · LXL04_021874 · OH-1004

细胞核0.020

排名 4 · LXL04_021874 · OH-1004

细胞外0.010

排名 5 · LXL04_021874 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16205.11Ribosomal_S17_N37-105 aa

PF00366.27Ribosomal_S17107-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021874	`PF16205.11`	Ribosomal_S17_N	37	105	1.6e-31	109.3
LXL04_021874	`PF00366.27`	Ribosomal_S17	107	175	6.7e-26	90.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65569`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS17y	91.195%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P42733`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS17x	86.164%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P16181`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS17z	87.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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