LXL04_021860 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021860

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138764370-138769792 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1398 bp · LXL04_021860|LXL04_021860|OH1004|cDNA

ATGACCGTCAACAACAATGTTATGAAGAATAAAACATTTAGCGTTTTCGATATGAGAATGTCATTTATGTGTGGTCAAAGATTTGCTGTAAACAACTGTTATTGTTTGGTTAGAGAGGATGGTTTCTACTTTGCTAAGGATGATAGAGTTTTTCCAGATGGTTGGCAATTTATAAAAATCATTGTTTTTACATTGCATATCATGAACCTTATAATCAAACATCGGTTTCTTATTATTGTTCTATTCAACCTCTTGGTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1398 bp · LXL04_021860|LXL04_021860|OH1004|CDS

ATGACCGTCAACAACAATGTTATGAAGAATAAAACATTTAGCGTTTTCGATATGAGAATGTCATTTATGTGTGGTCAAAGATTTGCTGTAAACAACTGTTATTGTTTGGTTAGAGAGGATGGTTTCTACTTTGCTAAGGATGATAGAGTTTTTCCAGATGGTTGGCAATTTATAAAAATCATTGTTTTTACATTGCATATCATGAACCTTATAATCAAACATCGGTTTCTTATTATTGTTCTATTCAACCTCTTGGTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

465 aa · LXL04_021860|LXL04_021860|OH1004|PROTEIN

MTVNNNVMKNKTFSVFDMRMSFMCGQRFAVNNCYCLVREDGFYFAKDDRVFPDGWQFIKIIVFTLHIMNLIIKHRFLIIVLFNLLVLIGGGYVFPKAGNRKRSNYLDLYAVYITNGDIDNLMAHCKSKDDDIGDKKLTPNQYFHWIFRQNFLLTTLFACTFRSMTPDNKELKHATFNVFDIQLSILCGDEYSINRCYWLVRNDGFYFSRDDDKTFPDGWIYFTSSLRVLSRYFAQTRGDTFYFTNIMSFTTKHYSFIIIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021860`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021860

位置 Chr04:138764370-138769792 (+)

描述 Similar to SPH6: S-protein homolog 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05825`	S-蛋白同源物6。	暂无已核实直接文献
`At5g26060`	S蛋白同源物12。	暂无已核实直接文献
`At4g16295`	S蛋白同源物1。	暂无已核实直接文献
`At4g29035`	S蛋白同源物74。	暂无已核实直接文献
`At5g06030`	S-蛋白同源物28。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021860 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009875 pollen-pistil interaction 生物过程

GO:0060320 rejection of self pollen 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16295

ath:AT5G26060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.356

排名 1 · LXL04_021860 · OH-1004

溶酶体／液泡0.221

排名 2 · LXL04_021860 · OH-1004

细胞质0.180

排名 3 · LXL04_021860 · OH-1004

内质网0.163

排名 4 · LXL04_021860 · OH-1004

细胞膜0.158

排名 5 · LXL04_021860 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05938.18Self-incomp_S1112-213 aa

PF05938.18Self-incomp_S1298-393 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021860	`PF05938.18`	Self-incomp_S1	112	213	7.7e-45	152.5
LXL04_021860	`PF05938.18`	Self-incomp_S1	298	393	7.7e-45	152.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F2Q9V4`	拟南芥	S-protein homolog 6	31.852%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q680N1`	拟南芥	S-protein homolog 12	34.921%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JLS0`	拟南芥	S-protein homolog 1	31.818%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2HQ46`	拟南芥	S-protein homolog 74	39.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FI83`	拟南芥	S-protein homolog 28	34.831%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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