LXL04_021788 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021788

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 137002807-137006387 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1332 bp · LXL04_021788|LXL04_021788|OH1004|cDNA

ATGGTTGCTTCCCAATGGACTGCAAGGAAGACCGTGGATCAcgttgactttgactttgacttttcgGATGTATTtggtccaccaccgccacctcAACAACCTTCTGCACCCAACACAAACGAATTATTAGTATATGATGAGCCGGAAGTCATATGTAGCCGTTCCCATTCATTAGTGGGTCCCACAACTTTTATAAACCAGTCCTTGAAGCTTAGCACAATGGCTTTACAAGAGCTTGAAGAATCTCCTTTTGTTGATGt...

CDS

下载 CDS FASTA

1332 bp · LXL04_021788|LXL04_021788|OH1004|CDS

ATGGTTGCTTCCCAATGGACTGCAAGGAAGACCGTGGATCACGTTGACTTTGACTTTGACTTTTCGGATGTATTTGGTCCACCACCGCCACCTCAACAACCTTCTGCACCCAACACAAACGAATTATTAGTATATGATGAGCCGGAAGTCATATGTAGCCGTTCCCATTCATTAGTGGGTCCCACAACTTTTATAAACCAGTCCTTGAAGCTTAGCACAATGGCTTTACAAGAGCTTGAAGAATCTCCTTTTGTTGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

443 aa · LXL04_021788|LXL04_021788|OH1004|PROTEIN

MVASQWTARKTVDHVDFDFDFSDVFGPPPPPQQPSAPNTNELLVYDEPEVICSRSHSLVGPTTFINQSLKLSTMALQELEESPFVDVVDDDDDDDDDDDDDGSLVNIESVGLEDFEILKVVGQGAFAKVYQVRKHGSSEIFAMKVMRKDRIFEKDQAEYMKAERDILTKVDHPFIVQLKYSFQTKYRLFLVLDFVNGGHLFFQLYRQGLFREDLARFYTAEIVSAVSHLHANGIMHRDLKPENILLDAEGHVMLTDFGVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021788`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021788

位置 Chr04:137002807-137006387 (-)

描述 Similar to ATPK2: Serine/threonine-protein kinase AtPK2/AtPK19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08720`	TOR 信号通路的下游效应器。	暂无已核实直接文献
`At3g08730`	参与渗透应激反应的 TOR 信号通路下游效应器。	Arabidopsis S6 kinase mutants display chromosome instability and altered RBR1-E2F pathway activity.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2010.164

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021788 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程

GO:0031269 pseudopodium assembly 生物过程

GO:0031929 TOR signaling 生物过程

GO:0032060 bleb assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G08720

ath:AT3G08730

bta:404181

ddi:DDB_G0277449

ddi:DDB_G0290157

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.592

排名 1 · LXL04_021788 · OH-1004

细胞核0.471

排名 2 · LXL04_021788 · OH-1004

细胞膜0.132

排名 3 · LXL04_021788 · OH-1004

内质网0.048

排名 4 · LXL04_021788 · OH-1004

线粒体0.041

排名 5 · LXL04_021788 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase115-371 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr116-354 aa

PF03109.23ABC1189-270 aa

PF14531.13Kinase-like212-354 aa

PF17667.8Pkinase_fungal222-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021788	`PF00069.32`	Pkinase	115	371	4e-75	253.3
LXL04_021788	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	116	354	6.4e-35	121.4
LXL04_021788	`PF03109.23`	ABC1	189	270	5.6e-07	29.7
LXL04_021788	`PF14531.13`	Kinase-like	212	354	4.8e-10	39.9
LXL04_021788	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	222	294	6.3e-08	32.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39030`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase AtPK2/AtPK19	66.816%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P42818`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase AtPK1/AtPK6	64.853%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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