LXL04_021750 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021750

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 136294031-136299013 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1902 bp · LXL04_021750|LXL04_021750|OH1004|cDNA

ATGGAAGGGTCTCACAAAACAGTTGATGAAGCTGAAAGTAGAAGTAAGGAACCTGATTCGGTTCCAATTGTTGATGTtgaagaagaggaggaagaagTTGCAGAAAATAAAGGTGGTCATAGAAGTAAGGAACCTGATTCGGTTCCAAACCGACGGGTTCAAACCCAAAACCAACGGTTTCAAACCCAACCCATCAGTCTGTGGGTTCAACCCACAAAACCGAGAAACCGAGTTCAGAACCCAAGAAACCGAACCCGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1902 bp · LXL04_021750|LXL04_021750|OH1004|CDS

ATGGAAGGGTCTCACAAAACAGTTGATGAAGCTGAAAGTAGAAGTAAGGAACCTGATTCGGTTCCAATTGTTGATGTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAGTTGCAGAAAATAAAGGTGGTCATAGAAGTAAGGAACCTGATTCGGTTCCAAACCGACGGGTTCAAACCCAAAACCAACGGTTTCAAACCCAACCCATCAGTCTGTGGGTTCAACCCACAAAACCGAGAAACCGAGTTCAGAACCCAAGAAACCGAACCCGCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

633 aa · LXL04_021750|LXL04_021750|OH1004|PROTEIN

MEGSHKTVDEAESRSKEPDSVPIVDVEEEEEEVAENKGGHRSKEPDSVPNRRVQTQNQRFQTQPISLWVQPTKPRNRVQNPRNRTRPETEFIGFKNPETDFGGLGSSQEGRREEYSGPPEMVPDIGGRSRRRFLVGCASEMVPSSRRLYHRVRRVAGWTEDSQAAGIRRRRRLKPFKQTGPCCFSPNARYLAVAVDYRLVIRDVLSLKVVQLFSCMDKITYIEWALDSEYILCGLYKKPMIQAWSLAQPEWTCKIDEGPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021750`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_021750`
位置	Chr04:136294031-136299013 (+)
描述	Similar to WRAP73: WD repeat-containing protein WRAP73
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021750` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程 GO:0030030 cell projection organization 生物过程 GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程 GO:1902857 positive regulation of non-motile cilium assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005813 centrosome 细胞组分 GO:0005814 centriole 细胞组分 GO:0005815 microtubule organizing center 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0034451 centriolar satellite 细胞组分 GO:0036064 ciliary basal body 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:49856 mmu:59002 spo:2540228 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · LXL04_021750 · OH-1004

细胞核0.314

排名 2 · LXL04_021750 · OH-1004

高尔基体0.113

排名 3 · LXL04_021750 · OH-1004

细胞膜0.101

排名 4 · LXL04_021750 · OH-1004

溶酶体／液泡0.095

排名 5 · LXL04_021750 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC3182-361 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st183-363 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5239-439 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz299-437 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1336-433 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st346-433 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st350-436 aa

PF12894.14ANAPC4_WD40370-431 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021750	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	182	361	4e-22	79.2
LXL04_021750	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	183	363	1.1e-23	84.6
LXL04_021750	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	239	439	2.6e-16	60.5
LXL04_021750	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	299	437	1.8e-11	44.6
LXL04_021750	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	336	433	1.8e-06	27.9
LXL04_021750	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	346	433	6.9e-13	49.1
LXL04_021750	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	350	436	1.1e-23	84.6
LXL04_021750	`PF12894.14`	ANAPC4_WD40	370	431	3.9e-09	37.3
LXL04_021750	`PF00400.39`	WD40	379	417	1.7e-11	44.8
LXL04_021750	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	394	425	4e-22	79.2
LXL04_021750	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	503	577	3.6e-07	30.7
LXL04_021750	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	511	604	1.1e-23	84.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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