LXL04_021704 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021704

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 135604944-135616340 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4413 bp · LXL04_021704|LXL04_021704|OH1004|cDNA

ATGGTGATTGATAAGGCTACATATTCAAGTCCATCTCACTACTTTGTGTATACACAATGGCAATCACATACTGCTGAATCCTCCCTCTCTCTTGCTCTCCCAAAGCAATCCTACATTTCACGAATCATCGTTGAGAAATCTAATTACAAAGACGAAATGAGCTACGCGGCATACAAATTGATGCACCCGCCCACCGGAATCGACAACTGCGCATCAGGATTCATCACGCATTCTCCCGCCGACTTCGCTTCCCGCATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4413 bp · LXL04_021704|LXL04_021704|OH1004|CDS

ATGGTGATTGATAAGGCTACATATTCAAGTCCATCTCACTACTTTGTGTATACACAATGGCAATCACATACTGCTGAATCCTCCCTCTCTCTTGCTCTCCCAAAGCAATCCTACATTTCACGAATCATCGTTGAGAAATCTAATTACAAAGACGAAATGAGCTACGCGGCATACAAATTGATGCACCCGCCCACCGGAATCGACAACTGCGCATCAGGATTCATCACGCATTCTCCCGCCGACTTCGCTTCCCGCATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1470 aa · LXL04_021704|LXL04_021704|OH1004|PROTEIN

MVIDKATYSSPSHYFVYTQWQSHTAESSLSLALPKQSYISRIIVEKSNYKDEMSYAAYKLMHPPTGIDNCASGFITHSPADFASRILPAPTDEIDPVWPSAPTPGVGPIPNLIVTAANVLEVYTVRVQEDGNSTSKDSSTVAQPQRGGVMAGLSGASLELVCSYRLHGNVESVGVLSSGAEERTSGRRRDSIILTFEDAKISILEFDDSVYGLRTSSMHCFEGPQWLHLKKGRESFARGPFIKADPLGRCAGVLVYGLQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021704`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021704

位置 Chr04:135604944-135616340 (-)

描述 Similar to CPSF160: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51660`	CPSF 在前 mRNA 3' 端形成中起关键作用，识别 AAUAAA 信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，实现剪切和加尾多聚腺苷酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0252200`	CPSF 在前 mRNA 3' 端形成中起关键作用，识别 AAUAAA 信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，实现剪切和加尾多聚腺苷酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021704 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0180012 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0019899 enzyme binding 分子功能

GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51660

bta:282703

hsa:29894

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.768

排名 1 · LXL04_021704 · OH-1004

细胞质0.252

排名 2 · LXL04_021704 · OH-1004

溶酶体／液泡0.049

排名 3 · LXL04_021704 · OH-1004

高尔基体0.046

排名 4 · LXL04_021704 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 5 · LXL04_021704 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10433.16Beta-prop_RSE1_1st157-499 aa

PF23726.2Beta-prop_RSE1_2nd615-1040 aa

PF03178.22CPSF_A1104-1434 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021704	`PF10433.16`	Beta-prop_RSE1_1st	157	499	5.7e-18	65.8
LXL04_021704	`PF23726.2`	Beta-prop_RSE1_2nd	615	1040	4.6e-55	187.9
LXL04_021704	`PF03178.22`	CPSF_A	1104	1434	2.9e-87	293.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGR0`	拟南芥	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1	66.964%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XWP1`	水稻	Probable cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1	63.172%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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