LXL04_021540 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021540

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 132116102-132121388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2610 bp · LXL04_021540|LXL04_021540|OH1004|cDNA

ATGAGGATAATGATCAAGGGCGGTGTTTGGAAAAACACCGAGGATGAAATCCTCAAAGCCGCGGTTATGAAGTACGGTAAGAATCAGTGGGCTCGTATCTCTTCGTTACTTGTTCGCAAATCGGCTAAGCAGTGTAAAGCTCGGTGGTACGAGTGGCTCGATCCTTCAATTAAGAAGACCGAATGGACAAGAGAAGAAGACGAAAAGCTTCTCCATCTAGCAAAACTCATGCCCACACAATGGAGAACAATCGCCCCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2610 bp · LXL04_021540|LXL04_021540|OH1004|CDS

ATGAGGATAATGATCAAGGGCGGTGTTTGGAAAAACACCGAGGATGAAATCCTCAAAGCCGCGGTTATGAAGTACGGTAAGAATCAGTGGGCTCGTATCTCTTCGTTACTTGTTCGCAAATCGGCTAAGCAGTGTAAAGCTCGGTGGTACGAGTGGCTCGATCCTTCAATTAAGAAGACCGAATGGACAAGAGAAGAAGACGAAAAGCTTCTCCATCTAGCAAAACTCATGCCCACACAATGGAGAACAATCGCCCCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

869 aa · LXL04_021540|LXL04_021540|OH1004|PROTEIN

MRIMIKGGVWKNTEDEILKAAVMKYGKNQWARISSLLVRKSAKQCKARWYEWLDPSIKKTEWTREEDEKLLHLAKLMPTQWRTIAPIVGRTPSQCLERYEKLLDAACQKDENYEPGDDPRKLRPGEIDPNPESKPARPDPVDMDEDEKEMLSEARARLANTRGKKAKRKAREKQLEEARRLASLQKRRELKAAGMGNSHRKRKRKGIDYNAEIPFEKRPPPGFYDVTDESSVVQQPKFPTTIEELEGERRADKEARLRKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021540`
TK1151 ID	TkA05G403800
OH-1004 ID	LXL04_021540
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021540

位置 Chr04:132116102-132121388 (+)

描述 Similar to CDC5: Cell division cycle 5-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09770`	MAC 复合体的组成部分，可能通过转录控制调节防御反应，因此对于植物先天免疫至关重要。	Virus induced gene silencing of AtCDC5 results in accelerated cell death in Arabidopsis leaves.2007 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2006.12.003 Regulation of plant innate immunity by three proteins in a complex conserved across the plant and animal kingdoms.2007 · DOI: 10.1101/gad.1559607 A cdc5+ homolog of a higher plant, Arabidopsis thaliana.1996 · DOI: 10.1073/pnas.93.23.13371

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021540 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0000086 G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0044344 cellular response to fibroblast growth factor stimulus 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09770

bta:767817

hsa:988

mmu:71702

rno:85434

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · LXL04_021540 · OH-1004

细胞质0.134

排名 2 · LXL04_021540 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 3 · LXL04_021540 · OH-1004

线粒体0.016

排名 4 · LXL04_021540 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_021540 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding8-53 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_610-70 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding59-103 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_662-111 aa

PF11831.14Myb_Cef401-641 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021540	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	8	53	7.5e-24	84.3
LXL04_021540	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	10	70	7.9e-23	81.1
LXL04_021540	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	59	103	7.5e-24	84.3
LXL04_021540	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	62	111	7.9e-23	81.1
LXL04_021540	`PF11831.14`	Myb_Cef	401	641	1.3e-49	169.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92948`	拟南芥	Cell division cycle 5-like protein	70.130%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情