LXL04_021455 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021455

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 130448459-130450035 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1254 bp · LXL04_021455|LXL04_021455|OH1004|cDNA

ACTTTCGTGACTAGGGTTTCTCATTGCTTTTTGTTGTTCACAGCCTCCTGCTATCGTCTTCTCCTGCACGCCCTCTGGTCGAGACAGAGAAAGCAAGAAAAAATGGCGGATTCGTTGGTGCTACGCGGCACCATGAGAGCTCATACCGACTGGGTTACAGCAATCGCCACCCCAATTGACAACTCCGATATGATCGTCACCTCATCACGTGACAAATCTATAATCGTTTGGCGTCTAACAAAAGAAGACAAAACCTACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1062 bp · LXL04_021455|LXL04_021455|OH1004|CDS

TTGTTGTTCACAGCCTCCTGCTATCGTCTTCTCCTGCACGCCCTCTGGTCGAGACAGAGAAAGCAAGAAAAAATGGCGGATTCGTTGGTGCTACGCGGCACCATGAGAGCTCATACCGACTGGGTTACAGCAATCGCCACCCCAATTGACAACTCCGATATGATCGTCACCTCATCACGTGACAAATCTATAATCGTTTGGCGTCTAACAAAAGAAGACAAAACCTACGGTGTTGCCCAACGCCGTCTCACAGGCCACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

353 aa · LXL04_021455|LXL04_021455|OH1004|PROTEIN

MLFTASCYRLLLHALWSRQRKQEKMADSLVLRGTMRAHTDWVTAIATPIDNSDMIVTSSRDKSIIVWRLTKEDKTYGVAQRRLTGHSHFVQDVVLSSDGQFALSGSWDGELRLWDLNAGTTARRFVGHTKDVLSVAFSIDNRQIVSASRDKSIKLWNTLGECKYTIQDGDAHNDWVSCVRFSPNTLQPTIVSASWDKTVKIWNLTNCKLRSTLAGHGGYVNTVAVSPDGSLCASGGKDGMILLWDLAEGKRLYSLESASI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021455`
TK1151 ID	TkA05G397010
OH-1004 ID	LXL04_021455
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.856 / OH-1004 92.068 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021455

位置 Chr04:130448459-130450035 (+)

描述 Similar to GB1: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18080`	RACK1 调节蛋白的主要成分，在多种信号转导途径中发挥作用。	RACK1 mediates multiple hormone responsiveness and developmental processes in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl035 Structure of a signal transduction regulator, RACK1, from Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1110/ps.035121.108 RACK1 genes regulate plant development with unequal genetic redundancy in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-108

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021455 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009967 positive regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:2001125 negative regulation of translational frameshifting 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18080

gmx:547868

nta:107763849

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.514

排名 1 · LXL04_021455 · OH-1004

细胞核0.439

排名 2 · LXL04_021455 · OH-1004

细胞膜0.091

排名 3 · LXL04_021455 · OH-1004

溶酶体／液泡0.081

排名 4 · LXL04_021455 · OH-1004

高尔基体0.055

排名 5 · LXL04_021455 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23869.2Beta-prop_WDR75_1st4-119 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd12-161 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd20-145 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR121-122 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR530-185 aa

PF00400.39WD4032-67 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st32-209 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st32-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021455	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	4	119	4.4e-14	53.2
LXL04_021455	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	12	161	1.3e-26	94.0
LXL04_021455	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	20	145	8.8e-11	42.5
LXL04_021455	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	21	122	1.2e-24	87.7
LXL04_021455	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	30	185	1.3e-52	179.7
LXL04_021455	`PF00400.39`	WD40	32	67	4e-60	198.4
LXL04_021455	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	32	209	2e-54	185.5
LXL04_021455	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	32	157	5.3e-48	163.9
LXL04_021455	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	32	274	3.1e-45	155.0
LXL04_021455	`PF24814.2`	WD40_Prp19	33	122	1.5e-44	152.9
LXL04_021455	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	34	244	3.6e-35	122.4
LXL04_021455	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	34	121	8e-25	88.4
LXL04_021455	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	34	158	8.3e-13	49.2
LXL04_021455	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	35	115	6.2e-36	124.8
LXL04_021455	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	35	114	8.5e-13	49.1
LXL04_021455	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	40	268	1.5e-31	110.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24456`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein RACK1z	83.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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