LXL04_021155 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021155

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 122832738-122837138 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1017 bp · LXL04_021155|LXL04_021155|OH1004|cDNA

ATGATGTTCAACACCACTACCATTAACGCCGTCATCCCATCAATGGGGATATTGCCTATTTCAAGTCGGAGAACTTCCCGCTTTTTTGGAGCATCTGCCGATGTTTTTCCGCCCTTTCTACTCAAAGAAATGGAGAAAATCGAAGACCCATTTGCTCGAAAGTTAGTTTCAAGGATCGAAATGCTGCCTGTAGAGCTCAGCAGTTCAAAGAATTGCATTATGAGTAGTTGTGTGAAACCAATGGTGCAGGACACAGGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · LXL04_021155|LXL04_021155|OH1004|CDS

ATGATGTTCAACACCACTACCATTAACGCCGTCATCCCATCAATGGGGATATTGCCTATTTCAAGTCGGAGAACTTCCCGCTTTTTTGGAGCATCTGCCGATGTTTTTCCGCCCTTTCTACTCAAAGAAATGGAGAAAATCGAAGACCCATTTGCTCGAAAGTTAGTTTCAAGGATCGAAATGCTGCCTGTAGAGCTCAGCAGTTCAAAGAATTGCATTATGAGTAGTTGTGTGAAACCAATGGTGCAGGACACAGGCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · LXL04_021155|LXL04_021155|OH1004|PROTEIN

MMFNTTTINAVIPSMGILPISSRRTSRFFGASADVFPPFLLKEMEKIEDPFARKLVSRIEMLPVELSSSKNCIMSSCVKPMVQDTGSPLVLLHGFDSSCLEWRYTLPLLEHAGLETWAIDILGWGFNNLVNLPICNVESKRDHLFQFWKTYIKRPMLLVGPSLGAAVAVDFVANHPEAVDKLILINASVYAEGTGNLSKLPRSVAFAGVSLLKSLPLRFYATNKTFNALPFDTCLEWTQIARLHCLLPWWEEATVDFRVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021155`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021155

位置 Chr04:122832738-122837138 (-)

描述 Similar to mhpC: 2-hydroxy-6-oxononadienedioate/2-hydroxy-6-oxononatrienedioate hydrolase (Escherichia coli (strain SE11)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39220`	水解酶参与生育酚生物合成。	Genome-wide association identifies a missing hydrolase for tocopherol synthesis in plants.2022 · DOI: 10.1073/pnas.2113488119

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021155 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程

GO:0019380 3-phenylpropionate catabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0016788 hydrolase activity, acting on ester bonds 分子功能

GO:0018771 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0052823 2-hydroxy-6-oxonona-2,4,7-trienedioate hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39220

ecr:ECIAI1_0350

ecx:EcHS_A0413

ecy:ECSE_0374

eum:ECUMN_0392

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973

排名 1 · LXL04_021155 · OH-1004

线粒体0.035

排名 2 · LXL04_021155 · OH-1004

细胞质0.025

排名 3 · LXL04_021155 · OH-1004

细胞核0.022

排名 4 · LXL04_021155 · OH-1004

过氧化物酶体0.016

排名 5 · LXL04_021155 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00561.27Abhydrolase_188-187 aa

PF12697.14Abhydrolase_689-311 aa

PF12146.16Hydrolase_489-200 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021155	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	88	187	5.8e-14	53.1
LXL04_021155	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	89	311	2.5e-13	51.9
LXL04_021155	`PF12146.16`	Hydrolase_4	89	200	2.5e-11	44.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JL7`	拟南芥	Alpha/beta hydrolase domain-containing protein VTE7	53.918%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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