LXL04_021147 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021147

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 122687735-122691684 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1587 bp · LXL04_021147|LXL04_021147|OH1004|cDNA

ATGGCGATGCGCCACCTCCTCAAGCTCTCCCGCCGCTCTCACAGAGCTTTAGCAGCGTCCACCATCACTAGATCCGCTTCAACCGCAACCGCCGTTTCCAGCGTCTCCGACACGCCCACACCAGCTCCACCACATCCTCACCAAATGATCTACGATCGCGTTGCGGAAGAAGTCAAATCTAAGCTTAGGCGACTCGAAAACCCCGACCCTAGGTTCCTCAAACACAACTCGCCGTACCCTACCCTAACGGATCACACATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1587 bp · LXL04_021147|LXL04_021147|OH1004|CDS

ATGGCGATGCGCCACCTCCTCAAGCTCTCCCGCCGCTCTCACAGAGCTTTAGCAGCGTCCACCATCACTAGATCCGCTTCAACCGCAACCGCCGTTTCCAGCGTCTCCGACACGCCCACACCAGCTCCACCACATCCTCACCAAATGATCTACGATCGCGTTGCGGAAGAAGTCAAATCTAAGCTTAGGCGACTCGAAAACCCCGACCCTAGGTTCCTCAAACACAACTCGCCGTACCCTACCCTAACGGATCACACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

528 aa · LXL04_021147|LXL04_021147|OH1004|PROTEIN

MAMRHLLKLSRRSHRALAASTITRSASTATAVSSVSDTPTPAPPHPHQMIYDRVAEEVKSKLRRLENPDPRFLKHNSPYPTLTDHTSILTYPETRVTTLPNGLRVATESNLASQTATVGVWIDAGSRFETEENNGVAHFLEHMIFKGTSKRSVRDLEEEIENMGGHLNAYTSREQTTYYAKVMGGDVPKALDILSDILQNSTFDERLINRERGVILREMEEVGAQTEEVIFDHLHATAFQYTPLGRTILGPAENIQKITK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021147`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021147

位置 Chr04:122687735-122691684 (+)

描述 Similar to MPPbeta: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02090`	线粒体必需加工蛋白酶（MPP）的催化亚基，可切割新导入前体蛋白上的线粒体序列（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021147 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006627 protein processing involved in protein targeting to mitochondrion 生物过程

GO:0006851 mitochondrial calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0016485 protein processing 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005758 mitochondrial intermembrane space 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02090

bta:534546

hsa:9512

mmu:73078

rno:64198

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.946

排名 1 · LXL04_021147 · OH-1004

细胞质0.048

排名 2 · LXL04_021147 · OH-1004

细胞核0.042

排名 3 · LXL04_021147 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 4 · LXL04_021147 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_021147 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00675.26Peptidase_M16104-251 aa

PF05193.27Peptidase_M16_C257-443 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021147	`PF00675.26`	Peptidase_M16	104	251	6.7e-56	189.0
LXL04_021147	`PF05193.27`	Peptidase_M16_C	257	443	1.2e-41	143.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42290`	拟南芥	Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial	71.751%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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