LXL04_021135 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021135

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 122203258-122206905 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2391 bp · LXL04_021135|LXL04_021135|OH1004|cDNA

ATGTTCGCTAATACCGCTAATTTGTCTATTTCTTGTCACCCATGCCCTTTAACCTGTTATACCAGGATGGATTTTCCAGAAAATAACGAGCTTAAAGATCTTGAAACAACCGAAAACATTGATTACAACGAATCTTTTACTAATCCAATAACCGGAGAAGGTGACACTAAAAGTGATGAAGgtGATGAAAATAAATCTGATGAAGAAGGGGTAACTGCTAATATTATAGACTCCCCTGGTGGATCTCAAAAACTTTATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2391 bp · LXL04_021135|LXL04_021135|OH1004|CDS

ATGTTCGCTAATACCGCTAATTTGTCTATTTCTTGTCACCCATGCCCTTTAACCTGTTATACCAGGATGGATTTTCCAGAAAATAACGAGCTTAAAGATCTTGAAACAACCGAAAACATTGATTACAACGAATCTTTTACTAATCCAATAACCGGAGAAGGTGACACTAAAAGTGATGAAGGTGATGAAAATAAATCTGATGAAGAAGGGGTAACTGCTAATATTATAGACTCCCCTGGTGGATCTCAAAAACTTTATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

796 aa · LXL04_021135|LXL04_021135|OH1004|PROTEIN

MFANTANLSISCHPCPLTCYTRMDFPENNELKDLETTENIDYNESFTNPITGEGDTKSDEGDENKSDEEGVTANIIDSPGGSQKLYQPIVPKEYLPDTFAAYKSLDEAIEMYTKYADKAGFDVRLNTTTRSADDNSIRIRYVVCSKTGKIPNRSMNSLDTSCSKKQRNSSFKVTNCKALIKFERIDRTENFKIRSFHDLHNHPLDSIEDRKHSKRARKLKYSDKNFIFKASTANLGATKAYNLMSTLEGGYENMGPEASD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021135`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021135

位置 Chr04:122203258-122206905 (-)

描述 Similar to FRS5: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At2g27110`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At1g52520`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191
`At3g06250`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g15090`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021135 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52520

ath:AT2G27110

ath:AT3G06250

ath:AT4G15090

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.936

排名 1 · LXL04_021135 · OH-1004

细胞质0.131

排名 2 · LXL04_021135 · OH-1004

线粒体0.023

排名 3 · LXL04_021135 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_021135 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_021135 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03101.22FAR1111-205 aa

PF21056.4ZSWIM1-3_RNaseH-like301-392 aa

PF10551.16MULE325-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021135	`PF03101.22`	FAR1	111	205	7.9e-14	52.9
LXL04_021135	`PF21056.4`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	301	392	1.1e-07	32.5
LXL04_021135	`PF10551.16`	MULE	325	407	1.3e-18	67.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZL8`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	27.193%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZVC9`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3	26.206%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SSQ4`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6	26.496%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M8J3`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7	24.267%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SWG3`	拟南芥	Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1	24.074%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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