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基因概览

LXL04_021067

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 120551693-120554062 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

510 bp · LXL04_021067|LXL04_021067|OH1004|cDNA

ATGTCGGAGCTGCTAATAGCAATTTTGAGCTCCAGCAAGGACCGGCAGTTTTCATATGAGGTATTCTTAACAGGTGAGAAAGTAGGTCTTGGTATGGGTAAAACCAGAAAGGATACACAACAACAAGCTGCCAAAAATGCCCTTCATACTTTAGCTGCtgagttGTTACCAGAATCCACAAACACTGTATTATTATATTCACCGATTTATAACATTTTTTGTCATGTCTTGTTATACGTGTGTGTGGTGTATTTTCTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

510 bp · LXL04_021067|LXL04_021067|OH1004|CDS

ATGTCGGAGCTGCTAATAGCAATTTTGAGCTCCAGCAAGGACCGGCAGTTTTCATATGAGGTATTCTTAACAGGTGAGAAAGTAGGTCTTGGTATGGGTAAAACCAGAAAGGATACACAACAACAAGCTGCCAAAAATGCCCTTCATACTTTAGCTGCTGAGTTGTTACCAGAATCCACAAACACTGTATTATTATATTCACCGATTTATAACATTTTTTGTCATGTCTTGTTATACGTGTGTGTGGTGTATTTTCTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

169 aa · LXL04_021067|LXL04_021067|OH1004|PROTEIN

MSELLIAILSSSKDRQFSYEVFLTGEKVGLGMGKTRKDTQQQAAKNALHTLAAELLPESTNTVLLYSPIYNIFCHVLLYVCVVYFLICVIFVHMFNVRLMFLSIMSNIVTKSRSCQIVNCTTLCLPLSICVPPHCAAWLKSVTQRAKYSPTAFINLWSSWIIKKKIILA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021067`
TK1151 ID	TkA03G335070
OH-1004 ID	LXL04_021067
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	56.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 45.238 / OH-1004 29.586 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021067

位置 Chr04:120551693-120554062 (+)

描述 Similar to CPL2: RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01270`	连续催化RNA聚合酶Ⅱ最大亚基RPB1的C端结构域中七肽重复序列YSPTSPS的Ser-5去磷酸化，但不催化Ser-2去磷酸化。	Arabidopsis C-terminal domain phosphatase-like 1 and 2 are essential Ser-5-specific C-terminal domain phosphatases.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0403174101 The Arabidopsis thaliana carboxyl-terminal domain phosphatase-like 2 regulates plant growth, stress and auxin responses.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9348-y A protein complex regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1710683114 Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-20089-0

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021067 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G01270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.459

排名 1 · LXL04_021067 · OH-1004

细胞核0.365

排名 2 · LXL04_021067 · OH-1004

线粒体0.157

排名 3 · LXL04_021067 · OH-1004

内质网0.092

排名 4 · LXL04_021067 · OH-1004

细胞膜0.083

排名 5 · LXL04_021067 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5YDB5`	拟南芥	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 2	60.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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