LXL04_021014 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021014

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 118984723-118986597 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1002 bp · LXL04_021014|LXL04_021014|OH1004|cDNA

ATGGAGTCGCACGGCGTCGGTCTCCGCCGTGTTTTGGAGCTCGCATTTTGCGTCGCCGGTATTTGGGCAGCTTATATATACCAAGGCGTTCTTCAGGAGACCGTGTCTACTAAGCGATTTGGGCCAGAGAAGGAGAGGTTCGAACATCTGGCATTCTTAAATTTGGCGCAGAGTGCAGTTTGTTTCGTATGGTCATTCATGATGATAAAGCTGTGGCCCAGTGGCAGTAGTACTGGCCATGCTCCATGGTGGAGTTATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1002 bp · LXL04_021014|LXL04_021014|OH1004|CDS

ATGGAGTCGCACGGCGTCGGTCTCCGCCGTGTTTTGGAGCTCGCATTTTGCGTCGCCGGTATTTGGGCAGCTTATATATACCAAGGCGTTCTTCAGGAGACCGTGTCTACTAAGCGATTTGGGCCAGAGAAGGAGAGGTTCGAACATCTGGCATTCTTAAATTTGGCGCAGAGTGCAGTTTGTTTCGTATGGTCATTCATGATGATAAAGCTGTGGCCCAGTGGCAGTAGTACTGGCCATGCTCCATGGTGGAGTTATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

333 aa · LXL04_021014|LXL04_021014|OH1004|PROTEIN

MESHGVGLRRVLELAFCVAGIWAAYIYQGVLQETVSTKRFGPEKERFEHLAFLNLAQSAVCFVWSFMMIKLWPSGSSTGHAPWWSYWSAGITNTIGPAMGIEALKYISYPAQVLAKSSKMIPVMVMGTLVYGIRYSFPEYLCSLLVAGGVSVFALAKTSSKTISKLANPNAPLGYGLCFLNLAFDGFTNATQDSVSTRYPKTTAWDIMLGMNLWGTLYNFLFMFGWPTAIGYQAIQFCNRHPEAAWDILYYCLCGAVGQN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021014`
TK1151 ID	TkA05G341940
OH-1004 ID	LXL04_021014
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021014

位置 Chr04:118984723-118986597 (+)

描述 Similar to UTR3: UDP-galactose/UDP-glucose transporter 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14360`	将 UDP-葡萄糖从细胞质转运到高尔基体和内质网所需的必需糖转运蛋白。	The nucleotide sugar transporters AtUTr1 and AtUTr3 are required for the incorporation of UDP-glucose into the endoplasmic reticulum, are essential for pollen development and are needed for embryo sac progress in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04066.x
`At2g02810`	将 UDP-半乳糖和 UDP-葡萄糖从细胞质转运到高尔基体和内质网所需的必需糖转运蛋白，以确保蛋白质折叠的质量控制。	Transport of UDP-galactose in plants. Identification and functional characterization of AtUTr1, an Arabidopsis thaliana UDP-galactos/UDP-glucose transporter.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m204081200 AtUTr1, a UDP-glucose/UDP-galactose transporter from Arabidopsis thaliana, is located in the endoplasmic reticulum and up-regulated by the unfolded protein response.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m512210200 The nucleotide sugar transporters AtUTr1 and AtUTr3 are required for the incorporation of UDP-glucose into the endoplasmic reticulum, are essential for pollen development and are needed for embryo sac progress in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04066.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021014 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0015780 nucleotide-sugar transmembrane transport 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0072334 UDP-galactose transmembrane transport 生物过程

GO:0120112 UDP-glucose transmembrane transport into endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005459 UDP-galactose transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0005460 UDP-glucose transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015297 antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14360

ath:AT2G02810

cal:CAALFM_C306980WA

ddi:DDB_G0288927

ddi:DDB_G0288929

yli:2912920

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.505

排名 1 · LXL04_021014 · OH-1004

内质网0.463

排名 2 · LXL04_021014 · OH-1004

细胞质0.061

排名 3 · LXL04_021014 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 4 · LXL04_021014 · OH-1004

细胞核0.031

排名 5 · LXL04_021014 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08449.18UAA14-318 aa

PF00892.27EamA209-313 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021014	`PF08449.18`	UAA	14	318	8.4e-78	262.3
LXL04_021014	`PF00892.27`	EamA	209	313	1.9e-07	32.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9S6`	拟南芥	UDP-galactose/UDP-glucose transporter 3	82.175%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64503`	拟南芥	UDP-galactose/UDP-glucose transporter 1	80.180%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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