LXL04_021013 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021013

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 118976211-118978508 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · LXL04_021013|LXL04_021013|OH1004|cDNA

ATGGGCAACGGTATAAGTAAACTTAATCTAAATTGTCATATCAAATCATCAACAGATAAATCAAGAGAGGAATATTTGTACGAAATCAACGGCTTTCATCCTCATAAGCTCGATCATTATTGCTACAAAGTCTTGAAAGCGGCCACcgggaagttttccaacaaaAATTTAGCTGGCCAAGGAGGTTGTGGTGATGTTTATAAAGGCTGGATAGATTGTCGCACTAAAGATTCTACAAAACCAGGACATGGTCTAACCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_021013|LXL04_021013|OH1004|CDS

ATGGGCAACGGTATAAGTAAACTTAATCTAAATTGTCATATCAAATCATCAACAGATAAATCAAGAGAGGAATATTTGTACGAAATCAACGGCTTTCATCCTCATAAGCTCGATCATTATTGCTACAAAGTCTTGAAAGCGGCCACCGGGAAGTTTTCCAACAAAAATTTAGCTGGCCAAGGAGGTTGTGGTGATGTTTATAAAGGCTGGATAGATTGTCGCACTAAAGATTCTACAAAACCAGGACATGGTCTAACCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_021013|LXL04_021013|OH1004|PROTEIN

MGNGISKLNLNCHIKSSTDKSREEYLYEINGFHPHKLDHYCYKVLKAATGKFSNKNLAGQGGCGDVYKGWIDCRTKDSTKPGHGLTVAVKRIKKEGVQGMDEWRNELKILSSFKHPNVVKLLGYCADGMHRMLVFEFVPNGSLEENLSRECSTELNWRKRIKIAKGLAQGLEYLHTMDRPVIHRDIKSANILLDKDFNAKIADFGLSRFGPQGDKSHLSTVVLGSKGYFAPEYIGTGHLTLKTDVYSLGVVFLEILSGLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021013`
TK1151 ID	TkA05G341710
OH-1004 ID	LXL04_021013
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	77.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 90.833 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021013

位置 Chr04:118976211-118978508 (+)

描述 Similar to PBL3: Probable serine/threonine-protein kinase PBL3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02800`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At2g28930`	可能的双功能激酶。	Light-induced stomatal opening is affected by the guard cell protein kinase APK1b.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0097161
`At1g14370`	参与抗病信号传导。	Receptor-like cytoplasmic kinases integrate signaling from multiple plant immune receptors and are targeted by a Pseudomonas syringae effector.2010 · DOI: 10.1016/j.chom.2010.03.007 xopAC-triggered immunity against Xanthomonas depends on Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase genes PBL2 and RIPK.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0073469 The Decoy Substrate of a Pathogen Effector and a Pseudokinase Specify Pathogen-Induced Modified-Self Recognition and Immunity in Plants.2015 · DOI: 10.1016/j.chom.2015.08.004 Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex.2019 · DOI: 10.1126/science.aav5868
`At5g02290`	可能在植物生长和发育的调节中发挥作用（可能）。	暂无已核实直接文献
`At1g07570`	可能的双功能激酶。	Novel protein kinase of Arabidopsis thaliana (APK1) that phosphorylates tyrosine, serine and threonine.1992 · DOI: 10.1007/bf00046450

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021013 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0062207 regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902458 positive regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004713 protein tyrosine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07570

ath:AT1G14370

ath:AT2G02800

ath:AT2G28930

ath:AT5G02290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.617

排名 1 · LXL04_021013 · OH-1004

细胞质0.295

排名 2 · LXL04_021013 · OH-1004

细胞核0.230

排名 3 · LXL04_021013 · OH-1004

内质网0.043

排名 4 · LXL04_021013 · OH-1004

高尔基体0.034

排名 5 · LXL04_021013 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase54-330 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr58-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021013	`PF00069.32`	Pkinase	54	330	3.1e-50	171.7
LXL04_021013	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	58	332	2.4e-48	165.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49840`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL3	48.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P46573`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL10	47.771%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49839`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL2	47.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P43293`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL11	43.939%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q06548`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL9	46.865%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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