LXL04_020928 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020928

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 115251366-115254072 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2565 bp · LXL04_020928|LXL04_020928|OH1004|cDNA

atggCATCAAAATCATCTTCAAACATTTTGGATTTGGTTCCTGATAATCTACTCGACATCCCGCAAACACCCAGGGCTCTTCCACGTGTCATGACCCTACCTGGAATCATCAACGACCATGATGATGATTCAGATATCTCCTCTAATTGTCGCGAAAGAAAAATCATTGTCTCAAATATGTTACCATTAAACATCCAGCGGGACCCAGATACCCTCAAGTTAACCTTCAGTTTCGATGAAGACTCCCTATATTACCAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2565 bp · LXL04_020928|LXL04_020928|OH1004|CDS

ATGGCATCAAAATCATCTTCAAACATTTTGGATTTGGTTCCTGATAATCTACTCGACATCCCGCAAACACCCAGGGCTCTTCCACGTGTCATGACCCTACCTGGAATCATCAACGACCATGATGATGATTCAGATATCTCCTCTAATTGTCGCGAAAGAAAAATCATTGTCTCAAATATGTTACCATTAAACATCCAGCGGGACCCAGATACCCTCAAGTTAACCTTCAGTTTCGATGAAGACTCCCTATATTACCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

854 aa · LXL04_020928|LXL04_020928|OH1004|PROTEIN

MASKSSSNILDLVPDNLLDIPQTPRALPRVMTLPGIINDHDDDSDISSNCRERKIIVSNMLPLNIQRDPDTLKLTFSFDEDSLYYQLKDGFTPETEVIYVGSLKVEIDISEQEEVAQKLLDGFNCVPTFLPHDLQKKFYSGFCKQQLWPLFHYMLPICPDHADRFDRVLWQAYVSANKIFADKVMEIADPEYDYIWIHDYHLMILPTFLRKRYNRVKIGFFLHSPFPSSEIYRTLPVRDEILKGLLNSDLIGFHTFDYAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020928`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020928

位置 Chr04:115251366-115254072 (-)

描述 Similar to TPS10: Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60140`	可能的α,α-海藻糖磷酸合酶 [UDP-形成] 10。	暂无已核实直接文献
`At1g70290`	可能的α,α-海藻糖磷酸合酶8［形成UDP］。	暂无已核实直接文献
`At1g23870`	可能的 α,α-海藻糖-磷酸合酶 [UDP 形成型] 9。	暂无已核实直接文献
`At1g68020`	调节植物结构、表皮铺装细胞的形状和毛状体的分支。	Trehalose-6-phosphate synthase/phosphatase regulates cell shape and plant architecture in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.107441
`At4g17770`	α,α-海藻糖-磷酸合酶 [UDP-形成] 5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020928 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005992 trehalose biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003825 alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity 分子功能

GO:0004805 trehalose-phosphatase activity 分子功能

GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23870

ath:AT1G60140

ath:AT1G68020

ath:AT1G70290

ath:AT4G17770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.385

排名 1 · LXL04_020928 · OH-1004

细胞核0.263

排名 2 · LXL04_020928 · OH-1004

细胞膜0.221

排名 3 · LXL04_020928 · OH-1004

质体0.098

排名 4 · LXL04_020928 · OH-1004

溶酶体／液泡0.082

排名 5 · LXL04_020928 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00982.28Glyco_transf_2053-537 aa

PF02358.23Trehalose_PPase587-822 aa

PF08282.19Hydrolase_3716-791 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020928	`PF00982.28`	Glyco_transf_20	53	537	1.8e-186	621.2
LXL04_020928	`PF02358.23`	Trehalose_PPase	587	822	2.1e-84	283.1
LXL04_020928	`PF08282.19`	Hydrolase_3	716	791	1.3e-06	29.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80738`	拟南芥	Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 10	70.383%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WUI9`	拟南芥	Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 8	69.814%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LRA7`	拟南芥	Probable alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 9	69.089%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94AH8`	拟南芥	Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 6	62.266%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23617`	拟南芥	Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 5	61.520%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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