LXL04_020663 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020663

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 102750042-102753803 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2262 bp · LXL04_020663|LXL04_020663|OH1004|cDNA

ATGTGGAAGCTTTACACTAATGGCCTCTTCTCGTTTTTGTTATGTCTTAATCATGCTTCCTCGTTATCATCCGATGGCCTCTCCCTGCTCTCCCTAAAATCTGCTGTTGAAGGCGGCGCCGCTGCCTTTTCCAACTGGAATGACAACGACAGTACCCCTTGCCAGTGGACCGGCGTCACGTGCGCCAACATTTCCGGGGTTTCCGGTCCTCGTGTCGTCGGCCTAGCAATTGCCGGAAAGAACATCCGCGGATACATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2262 bp · LXL04_020663|LXL04_020663|OH1004|CDS

ATGTGGAAGCTTTACACTAATGGCCTCTTCTCGTTTTTGTTATGTCTTAATCATGCTTCCTCGTTATCATCCGATGGCCTCTCCCTGCTCTCCCTAAAATCTGCTGTTGAAGGCGGCGCCGCTGCCTTTTCCAACTGGAATGACAACGACAGTACCCCTTGCCAGTGGACCGGCGTCACGTGCGCCAACATTTCCGGGGTTTCCGGTCCTCGTGTCGTCGGCCTAGCAATTGCCGGAAAGAACATCCGCGGATACATTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

753 aa · LXL04_020663|LXL04_020663|OH1004|PROTEIN

MWKLYTNGLFSFLLCLNHASSLSSDGLSLLSLKSAVEGGAAAFSNWNDNDSTPCQWTGVTCANISGVSGPRVVGLAIAGKNIRGYIPSELGNLVYLRRLNLHGNNFYGSIPDPIFNATSLHSLFLYDNNLTGPLPSSICNPPRLQNVDLSHNSLSGTIQKFLGNCRQLQRLVLAGNKLSGEIPSGIFPELANLVQLDLSSNSLNGSVPYDIGQLKSLSGTLNLSFNYFTGKLPESLGDLPLTVSFDLRDNNFTGEIPQTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020663`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020663

位置 Chr04:102750042-102753803 (-)

描述 Similar to ZAR1: Receptor protein kinase-like protein ZAR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01210`	受体蛋白激酶，在早期合子发育过程中充当细胞内钙和异三聚体 G 蛋白信号与细胞外信号的整合器。	暂无已核实直接文献
`At1g66830`	可能是失活的富含亮氨酸重复序列的受体样蛋白激酶 At1g66830。	暂无已核实直接文献
`At4g34220`	受体蛋白激酶样蛋白At4g34220。	暂无已核实直接文献
`At4g37250`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g37250。	暂无已核实直接文献
`At3g56100`	能磷酸化 AGL24。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020663 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程

GO:0010070 zygote asymmetric cell division 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0062207 regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66830

ath:AT2G01210

ath:AT3G56100

ath:AT4G34220

ath:AT4G37250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.866

排名 1 · LXL04_020663 · OH-1004

内质网0.079

排名 2 · LXL04_020663 · OH-1004

细胞质0.068

排名 3 · LXL04_020663 · OH-1004

细胞核0.049

排名 4 · LXL04_020663 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_020663 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_223-61 aa

PF13855.13LRR_896-154 aa

PF12799.14LRR_4142-178 aa

PF13855.13LRR_8166-217 aa

PF00069.32Pkinase425-650 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr426-639 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020663	`PF08263.18`	LRRNT_2	23	61	2.5e-11	44.4
LXL04_020663	`PF13855.13`	LRR_8	96	154	3.6e-14	53.0
LXL04_020663	`PF12799.14`	LRR_4	142	178	7.2e-08	33.1
LXL04_020663	`PF13855.13`	LRR_8	166	217	3.6e-14	53.0
LXL04_020663	`PF00069.32`	Pkinase	425	650	2e-31	110.1
LXL04_020663	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	426	639	1e-27	97.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZU46`	拟南芥	Receptor protein kinase-like protein ZAR1	42.603%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9N5`	拟南芥	Probable inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g66830	37.431%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94C77`	拟南芥	Receptor protein kinase-like protein At4g34220	37.266%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGS3`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g37250	35.040%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGP9`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3	31.479%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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