LXL04_020584 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020584

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 92799715-92804454 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2907 bp · LXL04_020584|LXL04_020584|OH1004|cDNA

ATGAGGAATGAAGAGATTGAGAGCTCCGACGACAACGAATTACCACCGTCGCTGCCACGAGCGGGTCGTAAGTACGGCCCAGTCGTTGCACACGACAGTGATCCCGTCGTGCTTGAGATGTCCTCCTTCGATCATGGATCTTCGTCTAATCACTTAAACAAAGTAAAAACAAATACGGGCACAGGTGCAAAAGAAGATTCAGTATCCGATGATCGTGGAGTGAATGGCAATGGCGAACACGGAGAATCCAAATTGGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2907 bp · LXL04_020584|LXL04_020584|OH1004|CDS

ATGAGGAATGAAGAGATTGAGAGCTCCGACGACAACGAATTACCACCGTCGCTGCCACGAGCGGGTCGTAAGTACGGCCCAGTCGTTGCACACGACAGTGATCCCGTCGTGCTTGAGATGTCCTCCTTCGATCATGGATCTTCGTCTAATCACTTAAACAAAGTAAAAACAAATACGGGCACAGGTGCAAAAGAAGATTCAGTATCCGATGATCGTGGAGTGAATGGCAATGGCGAACACGGAGAATCCAAATTGGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

968 aa · LXL04_020584|LXL04_020584|OH1004|PROTEIN

MRNEEIESSDDNELPPSLPRAGRKYGPVVAHDSDPVVLEMSSFDHGSSSNHLNKVKTNTGTGAKEDSVSDDRGVNGNGEHGESKLELFGFDSLVNILGLKSMTGEPIPVPSSPRGREDGSNAAQHPLIQSSSAVKSGTMMGVFIPCLQNILGIIYYIRFSWIVGMAGIGGSLAVVALCGLCTFLTAVSLSAIATNGAMKGGGPYYLIGRALGPEVGVSIGLCFFLGNAVAGSMYVLGAVETFLNAVPKAGLFRETITQIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020584`
TK1151 ID	TkA05G242560
OH-1004 ID	LXL04_020584
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020584

位置 Chr04:92799715-92804454 (+)

描述 Similar to CCC1: Cation-chloride cotransporter 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30450`	阳离子/氯化物共转运蛋白，介导钾-氯和钠-氯共转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0323700`	可能介导钾-氯化物协同转运的可能的阳离子/氯离子协同转运蛋白。	Cloning and functional characterization of a cation-chloride cotransporter gene OsCCC1.2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9744-6
`Os01g0304100`	可能的阳离子/氯离子共转运蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020584 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0006821 chloride transport 生物过程

GO:0006884 cell volume homeostasis 生物过程

GO:0055064 chloride ion homeostasis 生物过程

GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0071333 cellular response to glucose stimulus 生物过程

GO:0071476 cellular hypotonic response 生物过程

GO:0071477 cellular hypotonic salinity response 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:1902476 chloride transmembrane transport 生物过程

GO:1990573 potassium ion import across plasma membrane 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30450

dosa:Os01g0304100

dosa:Os08g0323700

mmu:107723

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.558

排名 1 · LXL04_020584 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_020584 · OH-1004

溶酶体／液泡0.159

排名 3 · LXL04_020584 · OH-1004

内质网0.136

排名 4 · LXL04_020584 · OH-1004

高尔基体0.103

排名 5 · LXL04_020584 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00324.28AA_permease141-611 aa

PF13520.13AA_permease_2164-590 aa

PF03522.21SLC12651-772 aa

PF03522.21SLC12783-967 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020584	`PF00324.28`	AA_permease	141	611	7.2e-53	180.6
LXL04_020584	`PF13520.13`	AA_permease_2	164	590	1.8e-17	64.1
LXL04_020584	`PF03522.21`	SLC12	651	772	1.5e-38	133.7
LXL04_020584	`PF03522.21`	SLC12	783	967	1.5e-38	133.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q2UVJ5`	拟南芥	Cation-chloride cotransporter 1	78.557%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z0E2`	水稻	Cation-chloride cotransporter 1	75.352%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q657W3`	水稻	Cation-chloride cotransporter 2	72.267%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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