LXL04_020114 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020114

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 52241197-52249119 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3687 bp · LXL04_020114|LXL04_020114|OH1004|cDNA

ATGGATCCCCTCGGACAAATGACCAGTTCCGATCAGTCCAGAAAATCCAAGATGGTAATTGAGTTGCTCAAAGGCATTCATTTTATATCTTCTGTGGAGGCCATCTCTCTTGGTGTTCAAGCTGGGATTCATCCTTGGATATTATACGACATTATATCAAATGCTGCAGGAAATTCATGGTACATTCAGGTTTTCAAGAATTACATCCCGTATCTATTACAGGGGAAGCAAATCAAGGATAATTTCCTAAATACTTCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3687 bp · LXL04_020114|LXL04_020114|OH1004|CDS

ATGGATCCCCTCGGACAAATGACCAGTTCCGATCAGTCCAGAAAATCCAAGATGGTAATTGAGTTGCTCAAAGGCATTCATTTTATATCTTCTGTGGAGGCCATCTCTCTTGGTGTTCAAGCTGGGATTCATCCTTGGATATTATACGACATTATATCAAATGCTGCAGGAAATTCATGGTACATTCAGGTTTTCAAGAATTACATCCCGTATCTATTACAGGGGAAGCAAATCAAGGATAATTTCCTAAATACTTCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1228 aa · LXL04_020114|LXL04_020114|OH1004|PROTEIN

MDPLGQMTSSDQSRKSKMVIELLKGIHFISSVEAISLGVQAGIHPWILYDIISNAAGNSWYIQVFKNYIPYLLQGKQIKDNFLNTSVQDLGTVLDTAKSLIFPLPLLAAAHQQFLAGSRHADADGLDGLKVWERVLGVQIKDAADAETYNPELLANKLREKSEGPNKIGFIGLGAMGFGMATHLLKSNFCVQGYDVYKPTLSRFSDAGGLIGSSPAQVSKDVEVLIVMVTNEIQAESVLYGVDGAVSVLPNGASIVLSST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020114`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_020114`
位置	Chr04:52241197-52249119 (-)
描述	Similar to ltnD: L-threonate dehydrogenase (Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_020114` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016054 organic acid catabolic process 生物过程 GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能 GO:0050661 NADP binding 分子功能 GO:0051287 NAD binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ecc:c3297 ecj:JW2706 eco:b2736 ecoc:C3026_15050 reh:H16_A1562 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.569

排名 1 · LXL04_020114 · OH-1004

细胞核0.184

排名 2 · LXL04_020114 · OH-1004

过氧化物酶体0.161

排名 3 · LXL04_020114 · OH-1004

质体0.121

排名 4 · LXL04_020114 · OH-1004

线粒体0.112

排名 5 · LXL04_020114 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14833.12NAD_binding_1115-124 aa

PF03446.22NAD_binding_2167-326 aa

PF14833.12NAD_binding_11332-452 aa

PF07005.17SBD_N498-735 aa

PF17042.11NBD_C760-932 aa

PF01116.27F_bP_aldolase949-1226 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020114	`PF14833.12`	NAD_binding_11	15	124	7.3e-47	159.3
LXL04_020114	`PF03446.22`	NAD_binding_2	167	326	9.8e-36	123.9
LXL04_020114	`PF14833.12`	NAD_binding_11	332	452	7.3e-47	159.3
LXL04_020114	`PF07005.17`	SBD_N	498	735	1.4e-56	192.6
LXL04_020114	`PF17042.11`	NBD_C	760	932	5.1e-30	105.9
LXL04_020114	`PF01116.27`	F_bP_aldolase	949	1226	1.2e-92	311.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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