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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_020109
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 52003278-52005528 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

726 bp · LXL04_020109|LXL04_020109|OH1004|cDNA

ATGCCAGCAATACAGAAGCTTTATAATGTTTGTAAAGTATCTTTATCCCAAAATGGGCCTGTATCAGAAGATGCTCTTGAAAAAGTTCGTGCCCTATTAGATAAAATCAAGCCTTCTGATGTGGGCCTTGAGCAGGAGGCCCAAATAGTGCGTAGCTGGACTGGGCCTGTTAATGAGCGCAATGGGGGGCATCGGTCTTTACCACCAATTAAGTATATACATATTCATGAGTCTGACAGCTTCTCTATGGGAATATTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · LXL04_020109|LXL04_020109|OH1004|CDS

ATGCCAGCAATACAGAAGCTTTATAATGTTTGTAAAGTATCTTTATCCCAAAATGGGCCTGTATCAGAAGATGCTCTTGAAAAAGTTCGTGCCCTATTAGATAAAATCAAGCCTTCTGATGTGGGCCTTGAGCAGGAGGCCCAAATAGTGCGTAGCTGGACTGGGCCTGTTAATGAGCGCAATGGGGGGCATCGGTCTTTACCACCAATTAAGTATATACATATTCATGAGTCTGACAGCTTCTCTATGGGAATATTCTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

241 aa · LXL04_020109|LXL04_020109|OH1004|PROTEIN

MPAIQKLYNVCKVSLSQNGPVSEDALEKVRALLDKIKPSDVGLEQEAQIVRSWTGPVNERNGGHRSLPPIKYIHIHESDSFSMGIFCMPSSSIIPLHNHPGMTVLSKLLYGSMQVKSYDWLDVPLPSDMSEDILARPAKLVKDGVMSGPSRTTTLYPTSGGNIHCFRAITPCALFDILSPPYSSKDGRHCTYFRRSLGGNLPCTIEVDGASFSEVSWLEEFQPPDDFVIQRGQYKGRAIKP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_020109
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_020109
位置Chr04:52003278-52005528 (-)
描述Similar to PCO5: Plant cysteine oxidase 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g58670 催化N端半胱氨酸残基（N-Cys）的氧化，从而为N端规则途径介导的蛋白酶体降解做准备，位于N端规则酶ATE1、ATE2和PRT6（可能）的上游。
Structures of Arabidopsis thaliana oxygen-sensing plant cysteine oxidases 4 and 5 enable targeted manipulation of their activity.2020 · DOI: 10.1073/pnas.2000206117
Molecular basis for cysteine oxidation by plant cysteine oxidases from Arabidopsis thaliana.2021 · DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107663
At2g42670 催化N端半胱氨酸残基（N-Cys）的氧化，从而为N端规则途径介导的蛋白酶体降解做准备，位于N端规则酶ATE1、ATE2和PRT6（可能）的上游。
The plant cysteine oxidases from Arabidopsis thaliana are kinetically tailored to act as oxygen sensors.2018 · DOI: 10.1074/jbc.ra118.003496
Structures of Arabidopsis thaliana oxygen-sensing plant cysteine oxidases 4 and 5 enable targeted manipulation of their activity.2020 · DOI: 10.1073/pnas.2000206117
Molecular basis for cysteine oxidation by plant cysteine oxidases from Arabidopsis thaliana.2021 · DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107663
At5g15120 催化 N 端半胱氨酸残基（N-Cys）的氧化，从而为蛋白参与 N 端法则途径介导的蛋白酶体降解做准备，此过程在 N-端法则酶 ATE1、ATE2 和 PRT6 的作用之前。 暂无已核实直接文献
At1g18490 催化N端半胱氨酸残基（N-Cys）的氧化，从而为N端规则途径介导的蛋白酶体降解做准备，位于N端规则酶ATE1、ATE2和PRT6（可能）的上游。 暂无已核实直接文献
At5g39890 催化 N 端半胱氨酸残基（N-Cys）的氧化，从而为蛋白参与 N 端法则途径介导的蛋白酶体降解做准备，此过程在 N-端法则酶 ATE1、ATE2 和 PRT6 的作用之前。
Molecular basis for cysteine oxidation by plant cysteine oxidases from Arabidopsis thaliana.2021 · DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107663

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020109 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0009061 anaerobic respiration 生物过程
GO:0018171 peptidyl-cysteine oxidation 生物过程
GO:0070483 detection of hypoxia 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0005506 iron ion binding 分子功能
GO:0017172 cysteine dioxygenase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G18490
ath:AT2G42670
ath:AT3G58670
ath:AT5G15120
ath:AT5G39890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.491
排名 1 · LXL04_020109 · OH-1004
细胞核0.487
排名 2 · LXL04_020109 · OH-1004
细胞膜0.107
排名 3 · LXL04_020109 · OH-1004
内质网0.063
排名 4 · LXL04_020109 · OH-1004
溶酶体／液泡0.054
排名 5 · LXL04_020109 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07847.19PCO_ADO32-238 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_020109PF07847.19PCO_ADO322388.2e-72241.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LXT4拟南芥Plant cysteine oxidase 568.908%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SJI9拟南芥Plant cysteine oxidase 466.807%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LXG9拟南芥Plant cysteine oxidase 148.718%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q1G3U6拟南芥Plant cysteine oxidase 340.964%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8LGJ5拟南芥Plant cysteine oxidase 241.532%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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