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基因概览

LXL04_019893

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 43452241-43460024 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4926 bp · LXL04_019893|LXL04_019893|OH1004|cDNA

ATGAAAAATGATTCCATTGCTATTTTGATTCATTCTCTCTGTATCTGGGATTCTGGGGTGATGGGTTTGTTTAAACCCGAATGGCTAATAGCAGTTCGCAACAATCAGGTTTCGCCTAACTCCTTTCTAGTAGCTGGACAAGAATCACAAAAAGAAGTCGATGAAAGGATGTATAATCTGAAAAAGGCACTCCCACAAGAAATTTCAGACGAGCAATCAGACACCGGCGCAGCCGACGGGAGCAAAAACCTAATTTTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4926 bp · LXL04_019893|LXL04_019893|OH1004|CDS

ATGAAAAATGATTCCATTGCTATTTTGATTCATTCTCTCTGTATCTGGGATTCTGGGGTGATGGGTTTGTTTAAACCCGAATGGCTAATAGCAGTTCGCAACAATCAGGTTTCGCCTAACTCCTTTCTAGTAGCTGGACAAGAATCACAAAAAGAAGTCGATGAAAGGATGTATAATCTGAAAAAGGCACTCCCACAAGAAATTTCAGACGAGCAATCAGACACCGGCGCAGCCGACGGGAGCAAAAACCTAATTTTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1641 aa · LXL04_019893|LXL04_019893|OH1004|PROTEIN

MKNDSIAILIHSLCIWDSGVMGLFKPEWLIAVRNNQVSPNSFLVAGQESQKEVDERMYNLKKALPQEISDEQSDTGAADGSKNLIFEAMAFVYISVQNSEEVRVALDQLPRDATDILDILKAEQAPLDLWLIIAEWVLAIFQAEKFMRKLLNLLDQVVVVIYFMVKNGRKFAFVRFLRVQDVLKLVETMSSTWYGSYHLYACLAKYDRRGTNDHRSDQSHARPQPRSDPIQPRPHAHQHVQNTVSFAVALQNGRKTEATQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019893`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019893

位置 Chr04:43452241-43460024 (+)

描述 Similar to At1g65750: Putative ribonuclease H protein At1g65750

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65750`	推定的核糖核酸酶H蛋白At1g65750。	暂无已核实直接文献
`At2g06210`	PAF1复合物（PAF1C）的组分，参与组蛋白修饰，如组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化（H3K4me3）。	A mechanism related to the yeast transcriptional regulator Paf1c is required for expression of the Arabidopsis FLC/MAF MADS box gene family.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.026062 PAF1-complex-mediated histone methylation of FLOWERING LOCUS C chromatin is required for the vernalization-responsive, winter-annual habit in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1244504 Identification of the Arabidopsis REDUCED DORMANCY 2 gene uncovers a role for the polymerase associated factor 1 complex in seed dormancy.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0022241

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019893 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0032197 retrotransposition 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016593 Cdc73/Paf1 complex 细胞组分

GO:0000993 RNA polymerase II complex binding 分子功能

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G06210

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.595

排名 1 · LXL04_019893 · OH-1004

细胞核0.305

排名 2 · LXL04_019893 · OH-1004

细胞膜0.147

排名 3 · LXL04_019893 · OH-1004

内质网0.049

排名 4 · LXL04_019893 · OH-1004

高尔基体0.045

排名 5 · LXL04_019893 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00078.33RVT_11059-1193 aa

PF13966.12zf-RVT1523-1607 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019893	`PF00078.33`	RVT_1	1059	1193	2.6e-19	70.6
LXL04_019893	`PF13966.12`	zf-RVT	1523	1607	2e-14	54.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C2F6`	拟南芥	Putative ribonuclease H protein At1g65750	27.930%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B5X0I6`	拟南芥	Protein CTR9 homolog	71.875%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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