LXL04_019877 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019877

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 42905751-42907724 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1974 bp · LXL04_019877|LXL04_019877|OH1004|cDNA

ATGAGAAAAACCCTACTTAAATCCCTCTACCCCGTCGCAACCAACAGACCTCACTCTTCATTCATCAATGGCGGAAGAAAGATTCATCACCCACTTAGCAGTTCCTCAAAACCGGAACCAAATCCACTTCCCATCTCCAAGGCCAGATGGGTTTTCACCACAACCGCACCCCCACCGCCGGAATGGGTTCAACCCATCAACGACACCTCCGACCTCATCACACCACATCCGAAGCCTTCTCAATGGGTTGACCAGATCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1974 bp · LXL04_019877|LXL04_019877|OH1004|CDS

ATGAGAAAAACCCTACTTAAATCCCTCTACCCCGTCGCAACCAACAGACCTCACTCTTCATTCATCAATGGCGGAAGAAAGATTCATCACCCACTTAGCAGTTCCTCAAAACCGGAACCAAATCCACTTCCCATCTCCAAGGCCAGATGGGTTTTCACCACAACCGCACCCCCACCGCCGGAATGGGTTCAACCCATCAACGACACCTCCGACCTCATCACACCACATCCGAAGCCTTCTCAATGGGTTGACCAGATCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

657 aa · LXL04_019877|LXL04_019877|OH1004|PROTEIN

MRKTLLKSLYPVATNRPHSSFINGGRKIHHPLSSSSKPEPNPLPISKARWVFTTTAPPPPEWVQPINDTSDLITPHPKPSQWVDQILNLLNDDSSQMEPKLDDFCRRWFIRLSPNFVSYILSSSRVKNQPELSYRFFKWAGKQKGGGYTYSHNIESYAFLIDVLSVSKDLDRVKSVFIELKQKRFLMNIKSANLLIKSFGNLGMVEELLWVWKKMKENGIEPSLFTFNFLINGLVNSMFIESAEQVFEVMETGPTKPDTV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019877`
TK1151 ID	TkA05G099610
OH-1004 ID	LXL04_019877
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019877

位置 Chr04:42905751-42907724 (-)

描述 Similar to At1g03560: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03560, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03560`	含五肽重复的蛋白 At1g03560，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g06920`	含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At5g65560`	含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019877 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03560

ath:AT3G06920

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.838

排名 1 · LXL04_019877 · OH-1004

质体0.094

排名 2 · LXL04_019877 · OH-1004

细胞核0.060

排名 3 · LXL04_019877 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_019877 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_019877 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N164-248 aa

PF13041.13PPR_2188-236 aa

PF13812.13PPR_3188-235 aa

PF01535.27PPR193-220 aa

PF17177.11PPR_long209-327 aa

PF12854.14PPR_1218-251 aa

PF13041.13PPR_2240-268 aa

PF23276.3TPR_24243-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019877	`PF29070.1`	MSC6_N	164	248	2.3e-31	110.0
LXL04_019877	`PF13041.13`	PPR_2	188	236	8.3e-85	279.5
LXL04_019877	`PF13812.13`	PPR_3	188	235	2.6e-40	137.0
LXL04_019877	`PF01535.27`	PPR	193	220	1.9e-80	260.4
LXL04_019877	`PF17177.11`	PPR_long	209	327	1.5e-25	90.6
LXL04_019877	`PF12854.14`	PPR_1	218	251	5.4e-67	221.9
LXL04_019877	`PF13041.13`	PPR_2	240	268	8.3e-85	279.5
LXL04_019877	`PF23276.3`	TPR_24	243	344	1.4e-30	106.6
LXL04_019877	`PF13812.13`	PPR_3	248	290	2.6e-40	137.0
LXL04_019877	`PF12854.14`	PPR_1	256	286	5.4e-67	221.9
LXL04_019877	`PF13041.13`	PPR_2	257	304	8.3e-85	279.5
LXL04_019877	`PF01535.27`	PPR	260	290	1.9e-80	260.4
LXL04_019877	`PF13041.13`	PPR_2	293	326	8.3e-85	279.5
LXL04_019877	`PF01535.27`	PPR	295	324	1.9e-80	260.4
LXL04_019877	`PF17177.11`	PPR_long	307	442	1.5e-25	90.6
LXL04_019877	`PF01535.27`	PPR	331	359	1.9e-80	260.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LR67`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03560, mitochondrial	59.545%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M907`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920	26.946%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	25.906%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LSL9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560	27.105%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	27.801%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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