基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_019829
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 41217796-41231071
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA7056 bp · LXL04_019829|LXL04_019829|OH1004|cDNA
ATGACTGGCCGTCTTGATTTTCTTCGAGAATACAAACTCTGTTCAAATGGTGGATATGTCACTTTTGGTAACGACACAAACGGTATCATCCGAGGACACGGCACTCTCACGAATGGCTACTTTTCAATAAAACGTGTTGTGTATGTTGCTGGACTGAAACACAACCTAATCAATGTTGCCATACTTACTGATGCACAACTCCGAGTTGAATTCGATGACAAACACAGCTATGTTATGACCAAGGACCGTTCCTCATGTCT...
CDS
下载 CDS FASTA7056 bp · LXL04_019829|LXL04_019829|OH1004|CDS
ATGACTGGCCGTCTTGATTTTCTTCGAGAATACAAACTCTGTTCAAATGGTGGATATGTCACTTTTGGTAACGACACAAACGGTATCATCCGAGGACACGGCACTCTCACGAATGGCTACTTTTCAATAAAACGTGTTGTGTATGTTGCTGGACTGAAACACAACCTAATCAATGTTGCCATACTTACTGATGCACAACTCCGAGTTGAATTCGATGACAAACACAGCTATGTTATGACCAAGGACCGTTCCTCATGTCT...
2351 aa · LXL04_019829|LXL04_019829|OH1004|PROTEIN
MTGRLDFLREYKLCSNGGYVTFGNDTNGIIRGHGTLTNGYFSIKRVVYVAGLKHNLINVAILTDAQLRVEFDDKHSYVMTKDRSSCLIQSNRNQNMYPLDINLFIEKPQLCLMSKAASDDSWLWHHRLAHLHFRYMTDLVTREMVRGLPLLKFENEHLCATCECGKQHKKGHPDLVEKSISAPSCKNSLLQNRSIINRRLNMTPYEAINGRKPSVSFFRVFGCRCFIKNNKDHLGKFQPNADEAIFLGYSMRSKAYRVLK...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_019829 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_019829 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:41217796-41231071 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | 暂无功能描述 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.580
细胞核0.441
线粒体0.076
内质网0.046
细胞膜0.043
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF22936.2Pol_BBD1-65 aaPF13976.12gag_pre-integrs95-167 aaPF25597.2SH3_retrovirus223-277 aaPF07727.20RVT_2492-692 aaPF22936.2Pol_BBD1465-1539 aaPF13976.12gag_pre-integrs1569-1641 aaPF25597.2SH3_retrovirus1697-1751 aaPF07727.20RVT_21966-2166 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_019829 | PF22936.2 | Pol_BBD | 1 | 65 | 8.6e-20 | 71.6 |
| LXL04_019829 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 95 | 167 | 1.4e-32 | 112.0 |
| LXL04_019829 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 223 | 277 | 3e-29 | 101.3 |
| LXL04_019829 | PF07727.20 | RVT_2 | 492 | 692 | 1.7e-115 | 385.5 |
| LXL04_019829 | PF22936.2 | Pol_BBD | 1465 | 1539 | 8.6e-20 | 71.6 |
| LXL04_019829 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 1569 | 1641 | 1.4e-32 | 112.0 |
| LXL04_019829 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 1697 | 1751 | 3e-29 | 101.3 |
| LXL04_019829 | PF07727.20 | RVT_2 | 1966 | 2166 | 1.7e-115 | 385.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。