LXL04_019029 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019029

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 22356768-22358573 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1806 bp · LXL04_019029|LXL04_019029|OH1004|cDNA

ATGGCGGCTTTGAAGGAGCTTCTGCCACCTGCAAAGTCATCTTCCTCCACCTTCTATGATCATTCAAGCGACCCGTGGTTTAAACAAAGATACAGCGCCCCAACAGAGGACGAACATACCGAATTCATAAAAACCAACCCTATCCCAATATACAACACACCTGAACGTTTCAAATACCGGCCTTCAAAACCCCAAGACTTTGGTGATGGTGGAGCATTTCCCGAGATCCATTATGCACAATTCCCTCTTGATCTTGGTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1806 bp · LXL04_019029|LXL04_019029|OH1004|CDS

ATGGCGGCTTTGAAGGAGCTTCTGCCACCTGCAAAGTCATCTTCCTCCACCTTCTATGATCATTCAAGCGACCCGTGGTTTAAACAAAGATACAGCGCCCCAACAGAGGACGAACATACCGAATTCATAAAAACCAACCCTATCCCAATATACAACACACCTGAACGTTTCAAATACCGGCCTTCAAAACCCCAAGACTTTGGTGATGGTGGAGCATTTCCCGAGATCCATTATGCACAATTCCCTCTTGATCTTGGTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

601 aa · LXL04_019029|LXL04_019029|OH1004|PROTEIN

MAALKELLPPAKSSSSTFYDHSSDPWFKQRYSAPTEDEHTEFIKTNPIPIYNTPERFKYRPSKPQDFGDGGAFPEIHYAQFPLDLGRKKDSLSGPKTLPVTVDKHGNLTFDAIVKQNENASKIVHSQHKDLVPKILKDEEDEEDEEEIEKQKKIDETTLQTKAALEKIVNVRLSAAQPKNVTTASQDSKFIKYKPSQQSSAFNSGAKERIIRMVEMQVDPLDPPKFKHKRVPKANGSPPVPVMHSPPRPVTVKDQQDWKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019029`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019029

位置 Chr04:22356768-22358573 (+)

描述 Similar to SKIPA: SNW/SKI-interacting protein A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77180`	剪接因子参与生物钟和开花时间基因的转录后调节。	A putative novel transcription factor, AtSKIP, is involved in abscisic acid signalling and confers salt and osmotic tolerance in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.03032.x SKIP is a component of the spliceosome linking alternative splicing and the circadian clock in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.100081

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0759800`	作为干旱和耐盐性的正调节剂。	A homolog of human ski-interacting protein in rice positively regulates cell viability and stress tolerance.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901940106
`Os06g0218000`	SNW/SKI相互作用蛋白B。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019029 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0043923 host-mediated activation of viral transcription 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77180

dosa:Os02g0759800

hsa:22938

osa:107275655

osa:4330796

pon:100174597

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · LXL04_019029 · OH-1004

细胞质0.140

排名 2 · LXL04_019029 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 3 · LXL04_019029 · OH-1004

线粒体0.013

排名 4 · LXL04_019029 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_019029 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02731.21SKIP_SNW189-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019029	`PF02731.21`	SKIP_SNW	189	348	8.6e-74	247.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80653`	拟南芥	SNW/SKI-interacting protein	67.412%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K8D9`	水稻	SNW/SKI-interacting protein A	69.169%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69QB5`	水稻	SNW/SKI-interacting protein B	51.060%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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