LXL04_018876 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018876

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19510323-19511957 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1362 bp · LXL04_018876|LXL04_018876|OH1004|cDNA

ATGCAGATGAATTCTATCGATCCAACAATATTCAGATCATCTACAATGGCAACTGTCTCGGCCTTCTCTTCTCCGGAATGgccaaaccctaaccctaaccCTAGTACAAGCGACAATACACGTTCAGAAGAAGACAAAGAAAATCCTAATTCACTTGCCGGTGACCTTCACAGCGGTGTCTCGCCGGGGCTCCAACCGATCAGAACGAGTTCCACCCAACAAGGAATTTTACCCGATCACGATGCTAAAGAAGATATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1362 bp · LXL04_018876|LXL04_018876|OH1004|CDS

ATGCAGATGAATTCTATCGATCCAACAATATTCAGATCATCTACAATGGCAACTGTCTCGGCCTTCTCTTCTCCGGAATGGCCAAACCCTAACCCTAACCCTAGTACAAGCGACAATACACGTTCAGAAGAAGACAAAGAAAATCCTAATTCACTTGCCGGTGACCTTCACAGCGGTGTCTCGCCGGGGCTCCAACCGATCAGAACGAGTTCCACCCAACAAGGAATTTTACCCGATCACGATGCTAAAGAAGATATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

453 aa · LXL04_018876|LXL04_018876|OH1004|PROTEIN

MQMNSIDPTIFRSSTMATVSAFSSPEWPNPNPNPSTSDNTRSEEDKENPNSLAGDLHSGVSPGLQPIRTSSTQQGILPDHDAKEDIDAANQPNSAPVTVPVPGQTLIPSSNIKIPNLSLFHVSFNQDNGCFACGINQGFRIYNCDPFREIFRRDFDYGGGIGIVEMLFRCNILALVGGGPQPQYPLNKVMIWDDHQGRCIGELSFRSEVRGVRLRRDRIIVILEQKIFVYNFTDLKLLQQIETFANPKGLCEVSQASGNF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018876`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018876

位置 Chr04:19510323-19511957 (+)

描述 Similar to ATG18A: Autophagy-related protein 18a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g62770`	可能作为 PI(3,5)P₂ 调控复合体的组分，参与磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸的合成及周转。	Autophagy differentially controls plant basal immunity to biotrophic and necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04546.x A critical role of autophagy in plant resistance to necrotrophic fungal pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04553.x The autophagy gene, ATG18a, plays a negative role in powdery mildew resistance and mildew-induced cell death in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16967
`At3g56440`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献
`At2g40810`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献
`At5g05150`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40810

ath:AT3G56440

ath:AT3G62770

ath:AT5G05150

xtr:493546

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.523

排名 1 · LXL04_018876 · OH-1004

细胞核0.257

排名 2 · LXL04_018876 · OH-1004

细胞膜0.169

排名 3 · LXL04_018876 · OH-1004

溶酶体／液泡0.163

排名 4 · LXL04_018876 · OH-1004

高尔基体0.152

排名 5 · LXL04_018876 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21032.3PROPPIN121-370 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3187-363 aa

PF24814.2WD40_Prp19188-360 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz216-381 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st217-350 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st226-363 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st234-358 aa

PF12894.14ANAPC4_WD40262-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018876	`PF21032.3`	PROPPIN	121	370	6.7e-33	115.0
LXL04_018876	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	187	363	1.3e-15	57.8
LXL04_018876	`PF24814.2`	WD40_Prp19	188	360	7.1e-09	35.8
LXL04_018876	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	216	381	3.3e-10	40.5
LXL04_018876	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	217	350	9.5e-08	32.5
LXL04_018876	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	226	363	1.8e-08	35.0
LXL04_018876	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	234	358	1.4e-09	38.3
LXL04_018876	`PF12894.14`	ANAPC4_WD40	262	332	1.1e-07	32.7
LXL04_018876	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	270	364	7.3e-11	42.6
LXL04_018876	`PF21034.4`	BCAS3_WD40	286	365	1.1e-14	54.6
LXL04_018876	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	287	364	2.8e-11	44.0
LXL04_018876	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	287	363	1.6e-10	41.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VB2`	拟南芥	Autophagy-related protein 18a	62.857%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WPK3`	拟南芥	Autophagy-related protein 18d	58.592%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GYD7`	拟南芥	Autophagy-related protein 18c	54.381%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FHK8`	拟南芥	Autophagy-related protein 18e	44.745%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情