LXL04_018871 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018871

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19426541-19431993 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2435 bp · LXL04_018871|LXL04_018871|OH1004|cDNA

ATATCTGAGTTATATATTCACAATTTTGTACcagaaaaaaaataaacaacaaaGCAGGGTGGACTCCGCTTACGAAATCGATTCCTCCCTCTTTGCTTCTCTATCCACGAATCGACGAAAACCTTTTTAAGCTTTTGATCGCAGATTCTTTTCCTCCGCCATATCATAATCGTCTCAGTTTATACCTTGCTGAAGGGACTGGTGTCACAATGACGATGTCTCAGACAAAGACTATTGAGTTGGATGATGGATGGGCATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2343 bp · LXL04_018871|LXL04_018871|OH1004|CDS

TTGCTTCTCTATCCACGAATCGACGAAAACCTTTTTAAGCTTTTGATCGCAGATTCTTTTCCTCCGCCATATCATAATCGTCTCAGTTTATACCTTGCTGAAGGGACTGGTGTCACAATGACGATGTCTCAGACAAAGACTATTGAGTTGGATGATGGATGGGCATACATGCAGACTGGGATTAAGAAGCTGAAGAAAATTTTGGAAGGTCATCCAGAGCCCCAATTTAGCTCAGAAGAATACATGATGCTTTACACCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

780 aa · LXL04_018871|LXL04_018871|OH1004|PROTEIN

MLLYPRIDENLFKLLIADSFPPPYHNRLSLYLAEGTGVTMTMSQTKTIELDDGWAYMQTGIKKLKKILEGHPEPQFSSEEYMMLYTTIYNMCTQKPPHDYSQQLYDKYREAFVDYIGSTVLPQLREKHDEFMLRELVKRWANHKVMVRWLSRFFHYLDRYFIARRSLPALNEVGLTCFRQSVYEEAKGKAKDAVIALIDQEREGEQIDRALLKNVLGIYVEIGMGQMDFYVNDFETDMLTDSAAYYSRKASNWIVEDSCP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018871`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018871

位置 Chr04:19426541-19431993 (-)

描述 Similar to CUL1: Cullin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02570`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	Null mutation of AtCUL1 causes arrest in early embryogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1091/mbc.e02-02-0077 Arabidopsis CAND1, an unmodified CUL1-interacting protein, is involved in multiple developmental pathways controlled by ubiquitin/proteasome-mediated protein Degradation.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021949
`At1g02980`	多个 SCF（SKP1-CUL1-F-box 蛋白）E3 泛素蛋白连接酶复合物的核心组分。	暂无已核实直接文献
`At1g43140`	推测Cullin样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At1g59790`	推定的Cullin样蛋白2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0369000`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018871 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010265 SCF complex assembly 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02980

ath:AT1G43140

ath:AT1G59790

ath:AT4G02570

dosa:Os01g0369000

osa:4325735

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.633

排名 1 · LXL04_018871 · OH-1004

细胞核0.253

排名 2 · LXL04_018871 · OH-1004

高尔基体0.163

排名 3 · LXL04_018871 · OH-1004

细胞膜0.137

排名 4 · LXL04_018871 · OH-1004

溶酶体／液泡0.099

排名 5 · LXL04_018871 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00888.30Cullin64-525 aa

PF26557.1Cullin_AB550-683 aa

PF10557.16Cullin_Nedd8710-772 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018871	`PF00888.30`	Cullin	64	525	1.3e-133	447.4
LXL04_018871	`PF26557.1`	Cullin_AB	550	683	1e-43	149.4
LXL04_018871	`PF10557.16`	Cullin_Nedd8	710	772	3.6e-27	94.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AH6`	拟南芥	Cullin-1	80.868%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SRZ0`	拟南芥	Cullin-2	66.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0CH31`	拟南芥	Putative cullin-like protein 1	65.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XIE9`	拟南芥	Putative cullin-like protein 2	57.995%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5ZC88`	水稻	Cullin-1	79.301%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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