LXL04_018865 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018865

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19367507-19371795 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1926 bp · LXL04_018865|LXL04_018865|OH1004|cDNA

ATGCCGGGGTACTCGTTTCCGGAGGATGTGTTAGAACATGTTTTTTCGTTTGTAACTTCTGATAAGGACAGGAATGCTGTTTCGTTGGTGTGCAAGTCGTGGTATGAGATCGAGCGTTGGTGCCGGAAGAGGATTTTCATTGGGAACTGTTATGCTGTGAGCCCGGGGATTGTGATTAGGAGGTTTCCGGACGTGACATCGGTGGAATTGAAAGGGAAACCGCATTTCGCGGACTTCAATTTGGTACCGGATGGGTGGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1926 bp · LXL04_018865|LXL04_018865|OH1004|CDS

ATGCCGGGGTACTCGTTTCCGGAGGATGTGTTAGAACATGTTTTTTCGTTTGTAACTTCTGATAAGGACAGGAATGCTGTTTCGTTGGTGTGCAAGTCGTGGTATGAGATCGAGCGTTGGTGCCGGAAGAGGATTTTCATTGGGAACTGTTATGCTGTGAGCCCGGGGATTGTGATTAGGAGGTTTCCGGACGTGACATCGGTGGAATTGAAAGGGAAACCGCATTTCGCGGACTTCAATTTGGTACCGGATGGGTGGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

641 aa · LXL04_018865|LXL04_018865|OH1004|PROTEIN

MPGYSFPEDVLEHVFSFVTSDKDRNAVSLVCKSWYEIERWCRKRIFIGNCYAVSPGIVIRRFPDVTSVELKGKPHFADFNLVPDGWGGYVYPWIVEFSRAYPWLEEIRLKRMVVTDESLELISKSFKSFKVLVLSSCEGFSTDGLAAVAANCRNLRVLDLRESEVEDLSGHWLSHFPDTFTSLESLNIACLSSEVSFSALERLVARSPNLKTLKLNRAVPLDKLSTLLHRAPHLVSFGTGSYSAETRPVTYSSLSKAFSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018865`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018865

位置 Chr04:19367507-19371795 (+)

描述 Similar to TIR1: Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g62980`	生长素受体介导 Aux/IAA 蛋白蛋白酶体降解和生长素调节转录。	Identification of an SCF ubiquitin-ligase complex required for auxin response in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1101/gad.13.13.1678 Five components of the ethylene-response pathway identified in a screen for weak ethylene-insensitive mutants in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0438070100 The Arabidopsis F-box protein TIR1 is an auxin receptor.2005 · DOI: 10.1038/nature03542 A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088 Small-molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrate interactions in auxin perception and signaling.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711146105 The TIR1 protein of Arabidopsis functions in auxin response and is related to human SKP2 and yeast grr1p.1998 · DOI: 10.1101/gad.12.2.198
`At4g03190`	SCF E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	Cloning by pathway activation in yeast: identification of an Arabidopsis thaliana F-box protein that can turn on glucose repression.2002 · DOI: 10.1023/a:1014440531842
`At1g12820`	赋予对毒力细菌病原体 P.syringae 的敏感性（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At3g26810`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0395600`	类运输抑制因子响应蛋白 Os04g0395600。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018865 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010152 pollen maturation 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045014 carbon catabolite repression of transcription by glucose 生物过程

GO:0048443 stamen development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12820

ath:AT3G26810

ath:AT3G62980

ath:AT4G03190

dosa:Os04g0395600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.606

排名 1 · LXL04_018865 · OH-1004

细胞质0.261

排名 2 · LXL04_018865 · OH-1004

线粒体0.068

排名 3 · LXL04_018865 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 4 · LXL04_018865 · OH-1004

质体0.044

排名 5 · LXL04_018865 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511.7F-box_54-44 aa

PF12937.13F-box-like7-37 aa

PF18791.8Transp_inhibit63-109 aa

PF29594.1LRR_SKP2104-222 aa

PF25372.2LRR_FBXL15111-374 aa

PF29594.1LRR_SKP2422-514 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018865	`PF18511.7`	F-box_5	4	44	1.9e-20	72.8
LXL04_018865	`PF12937.13`	F-box-like	7	37	1.9e-07	31.4
LXL04_018865	`PF18791.8`	Transp_inhibit	63	109	2.1e-26	91.9
LXL04_018865	`PF29594.1`	LRR_SKP2	104	222	1.4e-16	61.3
LXL04_018865	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	111	374	1e-10	41.4
LXL04_018865	`PF29594.1`	LRR_SKP2	422	514	1.4e-16	61.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q570C0`	拟南芥	Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1	75.315%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZR12`	拟南芥	GRR1-like protein 1	63.914%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LPW7`	拟南芥	Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 3	58.584%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LW29`	拟南芥	Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 2	58.929%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XVM8`	水稻	Transport inhibitor response 1-like protein Os04g0395600	58.244%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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