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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_018675
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 16532350-16534680 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1440 bp · LXL04_018675|LXL04_018675|OH1004|cDNA

ATGGTTTCCCTCCCGGCGCCGGCAGCGAACCCATTCCCTCCGGATTCTAATCGGTTGCCCGAGCATAAAAAACCCGCCGGAGCCACCAATTTCAATCCGGTAAGAGAAGAATCGTTGCCAATTAACGATGAAACTATAAGAAGAGAAAGGAAAGAGCAAGTGAATAAGAAAATCGCGTCGCAGAAGGCAATATCGGTAATATTAAGAAGAGAAGCGACGAAGGCCGTGATTGAGAAGAAAAAAGGTTCCACGAGGTTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · LXL04_018675|LXL04_018675|OH1004|CDS

ATGGTTTCCCTCCCGGCGCCGGCAGCGAACCCATTCCCTCCGGATTCTAATCGGTTGCCCGAGCATAAAAAACCCGCCGGAGCCACCAATTTCAATCCGGTAAGAGAAGAATCGTTGCCAATTAACGATGAAACTATAAGAAGAGAAAGGAAAGAGCAAGTGAATAAGAAAATCGCGTCGCAGAAGGCAATATCGGTAATATTAAGAAGAGAAGCGACGAAGGCCGTGATTGAGAAGAAAAAAGGTTCCACGAGGTTGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

479 aa · LXL04_018675|LXL04_018675|OH1004|PROTEIN

MVSLPAPAANPFPPDSNRLPEHKKPAGATNFNPVREESLPINDETIRRERKEQVNKKIASQKAISVILRREATKAVIEKKKGSTRLFPGTVLEALHERIAALRWESALKVFELLREQLWYRPNSAIYVKLIVMLGKCKQPEKAHSLFLAMIDEGCDANQESYTALLSAYSRSGLFRKAFSILEEMRNTPNCHPDVYTYSILIKSCLHFHEFDKVQSLLSEMVSQGVNPNTVTYNTLIDAYGKAKRFVDMESTLVEMLRQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_018675
TK1151 IDTkA08G077720
OH-1004 IDLXL04_018675
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 62.474 / OH-1004 62.213
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_018675
位置Chr04:16532350-16534680 (+)
描述Similar to At5g48730: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g48730 含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。 暂无已核实直接文献
At3g53170 含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。 暂无已核实直接文献
At3g06430 含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At4g39620 对胚胎发育必不可少。 暂无已核实直接文献
At1g74850 参与质体基因表达。
pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018675 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0019843 rRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06430
ath:AT3G53170
ath:AT4G39620
ath:AT5G48730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.589
排名 1 · LXL04_018675 · OH-1004
线粒体0.256
排名 2 · LXL04_018675 · OH-1004
细胞核0.084
排名 3 · LXL04_018675 · OH-1004
细胞质0.031
排名 4 · LXL04_018675 · OH-1004
细胞膜0.011
排名 5 · LXL04_018675 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N114-251 aa
PF17177.11PPR_long120-215 aa
PF13041.13PPR_2122-168 aa
PF13812.13PPR_3150-205 aa
PF12854.14PPR_1154-186 aa
PF13041.13PPR_2158-206 aa
PF01535.27PPR161-186 aa
PF10037.16MRP-S27178-264 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_018675PF29070.1MSC6_N1142515e-2692.4
LXL04_018675PF17177.11PPR_long1202151.3e-1661.4
LXL04_018675PF13041.13PPR_21221684e-68226.0
LXL04_018675PF13812.13PPR_31502051.7e-42144.0
LXL04_018675PF12854.14PPR_11541861.3e-41140.7
LXL04_018675PF13041.13PPR_21582064e-68226.0
LXL04_018675PF01535.27PPR1611866.1e-49161.6
LXL04_018675PF10037.16MRP-S271782646.2e-1349.2
LXL04_018675PF13041.13PPR_22092414e-68226.0
LXL04_018675PF17177.11PPR_long2093331.3e-1661.4
LXL04_018675PF13812.13PPR_32162781.7e-42144.0
LXL04_018675PF29070.1MSC6_N2243895e-2692.4
LXL04_018675PF12854.14PPR_12252451.3e-41140.7
LXL04_018675PF13041.13PPR_22282764e-68226.0
LXL04_018675PF01535.27PPR2312586.1e-49161.6
LXL04_018675PF13041.13PPR_22643124e-68226.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FKC3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic70.880%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SCP4拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5317046.575%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SQU6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic43.909%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SV96拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39620, chloroplastic28.280%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9S7Q2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic25.728%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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