LXL04_018648 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018648

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 16299512-16300648 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1137 bp · LXL04_018648|LXL04_018648|OH1004|cDNA

ATGGCGAGACCAATCTTACAGCGACGCTCTCTCGCCTCCACTCTAACCGCATTTCTCAATCGCCGATCAATCTCCACCGTCGCCGTTGATGCACCCAGAAACCCCATTACCTCGATACCTCTGCCATCCCCACCACCACCACAAATCTCCAACCTGAGAACGAGAACTCCACTAGAGAAGCAATTCGAGACATGGCTCGAAAAGCTCAAACCCGGATTCACCCCATACGACGTGGACGAAGCATTACGTGCTCAATCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · LXL04_018648|LXL04_018648|OH1004|CDS

ATGGCGAGACCAATCTTACAGCGACGCTCTCTCGCCTCCACTCTAACCGCATTTCTCAATCGCCGATCAATCTCCACCGTCGCCGTTGATGCACCCAGAAACCCCATTACCTCGATACCTCTGCCATCCCCACCACCACCACAAATCTCCAACCTGAGAACGAGAACTCCACTAGAGAAGCAATTCGAGACATGGCTCGAAAAGCTCAAACCCGGATTCACCCCATACGACGTGGACGAAGCATTACGTGCTCAATCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · LXL04_018648|LXL04_018648|OH1004|PROTEIN

MARPILQRRSLASTLTAFLNRRSISTVAVDAPRNPITSIPLPSPPPPQISNLRTRTPLEKQFETWLEKLKPGFTPYDVDEALRAQSDADLAFDIFRWTGQQRGYKHNSTTYLTMVQIAVSGKRYYHAETLVEEIVAGACSGSVPLYNSVIKFCCGRKFLFNRAFDVYKKMLNDEDTKPNLETYKLLLDSLLRRFNNLNVSHVYLRGVKSLSKQMKASGVIPDTFAHNMIIKAHAKCHELEQAIRVFREMALYGNQPNLYT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018648`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018648

位置 Chr04:16299512-16300648 (-)

描述 Similar to At3g25210: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25210, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25210`	含五聚肽重复的蛋白 At3g25210，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g27800`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27800，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g03560`	含五肽重复的蛋白 At1g03560，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g36240`	含五肽重复蛋白At2g36240。	暂无已核实直接文献
`At1g71060`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03560

ath:AT2G27800

ath:AT3G25210

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.807

排名 1 · LXL04_018648 · OH-1004

质体0.108

排名 2 · LXL04_018648 · OH-1004

细胞核0.062

排名 3 · LXL04_018648 · OH-1004

细胞质0.030

排名 4 · LXL04_018648 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_018648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2145-191 aa

PF17177.11PPR_long154-297 aa

PF29070.1MSC6_N160-246 aa

PF13812.13PPR_3210-266 aa

PF12854.14PPR_1218-249 aa

PF13041.13PPR_2221-269 aa

PF12854.14PPR_1255-285 aa

PF01535.27PPR259-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018648	`PF13041.13`	PPR_2	145	191	3.4e-39	133.4
LXL04_018648	`PF17177.11`	PPR_long	154	297	1.6e-17	64.3
LXL04_018648	`PF29070.1`	MSC6_N	160	246	2.6e-06	27.5
LXL04_018648	`PF13812.13`	PPR_3	210	266	4.7e-16	59.3
LXL04_018648	`PF12854.14`	PPR_1	218	249	2.6e-26	91.7
LXL04_018648	`PF13041.13`	PPR_2	221	269	3.4e-39	133.4
LXL04_018648	`PF12854.14`	PPR_1	255	285	2.6e-26	91.7
LXL04_018648	`PF01535.27`	PPR	259	287	1.1e-19	69.9
LXL04_018648	`PF13041.13`	PPR_2	264	304	3.4e-39	133.4
LXL04_018648	`PF17177.11`	PPR_long	275	372	1.6e-17	64.3
LXL04_018648	`PF13041.13`	PPR_2	295	340	3.4e-39	133.4
LXL04_018648	`PF12854.14`	PPR_1	324	353	2.6e-26	91.7
LXL04_018648	`PF13041.13`	PPR_2	326	373	3.4e-39	133.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSF5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25210, mitochondrial	62.918%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUY1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27800, mitochondrial	31.861%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LR67`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03560, mitochondrial	24.603%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJN2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36240	26.989%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C9A2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial	24.465%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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