LXL04_018608 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018608

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 15562440-15568987 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3237 bp · LXL04_018608|LXL04_018608|OH1004|cDNA

ATGGCAACTCCCGGTGGACCTCGACCAGGCAATCCACCGCCTAATTATAACCCTAATTCGATTGCTGATAATAtgcaaaaccttcaaatcaATCGCCCTAACCAGCCTCCAAATTCAGCTGGCGGACCTAGAGGTCCACCTCCGTCGTTTGGTCAACAACCATTCCCTACATCAGCTCCgttttcatcttcttcattttcaggaCCTTCACGTCCAGGACCTCCTCCGCCAGGTGCTGTTCCCAGGGGTGGTGCAATGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3237 bp · LXL04_018608|LXL04_018608|OH1004|CDS

ATGGCAACTCCCGGTGGACCTCGACCAGGCAATCCACCGCCTAATTATAACCCTAATTCGATTGCTGATAATATGCAAAACCTTCAAATCAATCGCCCTAACCAGCCTCCAAATTCAGCTGGCGGACCTAGAGGTCCACCTCCGTCGTTTGGTCAACAACCATTCCCTACATCAGCTCCGTTTTCATCTTCTTCATTTTCAGGACCTTCACGTCCAGGACCTCCTCCGCCAGGTGCTGTTCCCAGGGGTGGTGCAATGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1078 aa · LXL04_018608|LXL04_018608|OH1004|PROTEIN

MATPGGPRPGNPPPNYNPNSIADNMQNLQINRPNQPPNSAGGPRGPPPSFGQQPFPTSAPFSSSSFSGPSRPGPPPPGAVPRGGAMPPPTGPPQGALPPFMASNRGPPGSSNPPPPFGSRPMTSGPVPSSTMSSAPGPGPRPGPFSSSPLTTGMPVPSFGGGGPVSNGPPPFGGGMQGGGGPLYPPAGVRPRPFTGPPPSPPTMGGPFSGQTTPTPGSPPENFQRLPPGSHPPPFSAPQRGPPMFSAQGQPQASPFGAQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018608`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018608

位置 Chr04:15562440-15568987 (-)

描述 Similar to At4g32640: Protein transport protein Sec24-like At4g32640

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32640`	被囊膜蛋白复合体II（COPII）覆盖的成分，该复合体覆盖从内质网衍生的囊泡，参与从内质网到高尔基体的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g44340`	被囊膜蛋白复合体II（COPII）覆盖的成分，该复合体覆盖从内质网衍生的囊泡，参与从内质网到高尔基体的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g07100`	必需蛋白质。	A missense mutation in the Arabidopsis COPII coat protein Sec24A induces the formation of clusters of the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068262 Evidence for the involvement of the Arabidopsis SEC24A in male transmission.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err174 Endomembrane trafficking protein SEC24A regulates cell size patterning in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.246033 The Vesicle-Forming 6K2 Protein of Turnip Mosaic Virus Interacts with the COPII Coatomer Sec24a for Viral Systemic Infection.2015 · DOI: 10.1128/jvi.00503-15

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018608 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程

GO:0048232 male gamete generation 生物过程

GO:0070863 positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0080119 ER body organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07100

ath:AT3G44340

ath:AT4G32640

hsa:9632

hsa:9871

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.741

排名 1 · LXL04_018608 · OH-1004

细胞核0.196

排名 2 · LXL04_018608 · OH-1004

高尔基体0.145

排名 3 · LXL04_018608 · OH-1004

溶酶体／液泡0.103

排名 4 · LXL04_018608 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 5 · LXL04_018608 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04810.21zf-Sec23_Sec24413-451 aa

PF04811.22Sec23_trunk488-728 aa

PF08033.18Sec23_BS733-817 aa

PF04815.21Sec23_helical828-924 aa

PF00626.28Gelsolin949-1019 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018608	`PF04810.21`	zf-Sec23_Sec24	413	451	2.7e-16	60.0
LXL04_018608	`PF04811.22`	Sec23_trunk	488	728	5.1e-77	259.4
LXL04_018608	`PF08033.18`	Sec23_BS	733	817	1.4e-25	90.4
LXL04_018608	`PF04815.21`	Sec23_helical	828	924	8.8e-25	87.2
LXL04_018608	`PF00626.28`	Gelsolin	949	1019	6.1e-07	29.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M081`	拟南芥	Protein transport protein SEC24 C	65.183%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M291`	拟南芥	Protein transport protein SEC24 B	71.559%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SFU0`	拟南芥	Protein transport protein SEC24 A	36.314%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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