LXL04_018547 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018547

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 14478362-14486254 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4731 bp · LXL04_018547|LXL04_018547|OH1004|cDNA

ATGGCTGGGAAAACCGTATTATCAGACGAAGAAGATGAGATTGAAGTTGAAGAGGACGAGAGGGAAGAGCCTGATGGGGAGGCAGTTGATGCTGAAGATCGTGACGACGAAGATGACGAAGATGAAGAAGGATTCGACGAGTATGAAAAAGACGATTTCATAGTGGATGATGTGGATGAAGATGAACAAGACGAGGGCAGGGCAGACAGTGATGATGAGAggcaaaagaagaagaaaagaaagaaaagGGAATCCGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4731 bp · LXL04_018547|LXL04_018547|OH1004|CDS

ATGGCTGGGAAAACCGTATTATCAGACGAAGAAGATGAGATTGAAGTTGAAGAGGACGAGAGGGAAGAGCCTGATGGGGAGGCAGTTGATGCTGAAGATCGTGACGACGAAGATGACGAAGATGAAGAAGGATTCGACGAGTATGAAAAAGACGATTTCATAGTGGATGATGTGGATGAAGATGAACAAGACGAGGGCAGGGCAGACAGTGATGATGAGAGGCAAAAGAAGAAGAAAAGAAAGAAAAGGGAATCCGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1576 aa · LXL04_018547|LXL04_018547|OH1004|PROTEIN

MAGKTVLSDEEDEIEVEEDEREEPDGEAVDAEDRDDEDDEDEEGFDEYEKDDFIVDDVDEDEQDEGRADSDDERQKKKKRKKRESEKNYVLDEDDYELLQDNNITGFRRPKAESKKFKRLKKARSDADEGQSGFSDEEDYNRTGKSGRSAEEKIKQSLFGDDEGPPLEDIAEEDPPEEEEDGDIGEEEDEMADFIVDEEEVDEHGEPTRRRKVNKKKSRQAPGVSSSAIQEAHDIFGDVDELLRQRKLGLERISRYDDSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018547`
TK1151 ID	TkA08G067630
OH-1004 ID	LXL04_018547
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.856 / OH-1004 44.036 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018547

位置 Chr04:14478362-14486254 (+)

描述 Similar to SPT6: Transcription elongation factor SPT6 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65440`	转录延伸因子，可通过RNA聚合酶II（RNAPII）增强转录延伸（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g63210`	转录延伸因子，通过RNA聚合酶II（RNAPII）增强转录延伸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018547 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0034728 nucleosome organization 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0140673 transcription elongation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008023 transcription elongation factor complex 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63210

ath:AT1G65440

dre:337866

hsa:6830

mmu:20926

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951

排名 1 · LXL04_018547 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_018547 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 3 · LXL04_018547 · OH-1004

线粒体0.015

排名 4 · LXL04_018547 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_018547 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14632.12SPT6_acidic34-125 aa

PF14641.12HTH_44311-420 aa

PF22706.2Tex_central_region528-643 aa

PF14639.12YqgF734-889 aa

PF14635.13HHH_7893-993 aa

PF21710.4Spt6_S11106-1193 aa

PF14633.13SH2_21210-1423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018547	`PF14632.12`	SPT6_acidic	34	125	6.9e-17	62.3
LXL04_018547	`PF14641.12`	HTH_44	311	420	2e-10	41.8
LXL04_018547	`PF22706.2`	Tex_central_region	528	643	2.5e-06	28.3
LXL04_018547	`PF14639.12`	YqgF	734	889	8.5e-16	58.8
LXL04_018547	`PF14635.13`	HHH_7	893	993	7.6e-18	65.5
LXL04_018547	`PF21710.4`	Spt6_S1	1106	1193	1.1e-14	55.2
LXL04_018547	`PF14633.13`	SH2_2	1210	1423	1.3e-67	228.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MS85`	拟南芥	Transcription elongation factor SPT6 homolog	63.630%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAM1`	拟南芥	Transcription elongation factor SPT6-like	56.512%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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