LXL04_018536 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018536

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 14329846-14331627 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1275 bp · LXL04_018536|LXL04_018536|OH1004|cDNA

ATGGATGGGAGTATCCTGGAATCAATCGGAGTTGAAATCATCGGCGTAATGTCTCCGGTATCAATCTGCATGCTTCTCGTAGTCCTCATAGTCTACTCTCTCACAGCCTTCTCCTCTCCGTCCGGCGAGCCCATCCGCACCGCTGCTAATCTCGTCTACCTCGAAACGCCAACGGATTCCACAACCGAGAAGATCGAAGGCTCGTTACTCAATGCTCTCGTCTTCGTGATCCTCATCGCCGCTGTAACCTTCCTCCTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1275 bp · LXL04_018536|LXL04_018536|OH1004|CDS

ATGGATGGGAGTATCCTGGAATCAATCGGAGTTGAAATCATCGGCGTAATGTCTCCGGTATCAATCTGCATGCTTCTCGTAGTCCTCATAGTCTACTCTCTCACAGCCTTCTCCTCTCCGTCCGGCGAGCCCATCCGCACCGCTGCTAATCTCGTCTACCTCGAAACGCCAACGGATTCCACAACCGAGAAGATCGAAGGCTCGTTACTCAATGCTCTCGTCTTCGTGATCCTCATCGCCGCTGTAACCTTCCTCCTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

424 aa · LXL04_018536|LXL04_018536|OH1004|PROTEIN

MDGSILESIGVEIIGVMSPVSICMLLVVLIVYSLTAFSSPSGEPIRTAANLVYLETPTDSTTEKIEGSLLNALVFVILIAAVTFLLVLLYYYNFTNFLKNYMRFSAFFVLGVMGGSIFISIIRQFSIPIDAITCLILLFNFTVVGVLSVFADGIPIPILLRQVYMVLLGIIVAAWFTNLPEWTTWTLLVALALYDLVAVLAPGGPLKILVELASSRDDELPALVYEARPTVSRNPRASSGFGLLVGGVSSDSVELEMTRH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018536`
TK1151 ID	TkA08G066710
OH-1004 ID	LXL04_018536
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.448 / OH-1004 99.057 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018536

位置 Chr04:14329846-14331627 (-)

描述 Similar to At1g08700: Presenilin-like protein At1g08700

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08700`	可能是 γ-分泌酶复合体的亚基，这是一种内切酶复合体，可催化整合膜蛋白（如 Notch 受体）的膜内切割。	暂无已核实直接文献
`At2g29900`	可能是 γ-分泌酶复合体的亚基，这是一种内切酶复合体，可催化整合膜蛋白（如 Notch 受体）的膜内切割。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018536 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0001921 positive regulation of receptor recycling 生物过程

GO:0006509 membrane protein ectodomain proteolysis 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0007220 Notch receptor processing 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016048 detection of temperature stimulus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08700

ath:AT2G29900

cel:CELE_F35H12.3

hsa:5663

pon:100173083

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.308

排名 1 · LXL04_018536 · OH-1004

高尔基体0.308

排名 2 · LXL04_018536 · OH-1004

溶酶体／液泡0.259

排名 3 · LXL04_018536 · OH-1004

细胞质0.202

排名 4 · LXL04_018536 · OH-1004

细胞膜0.107

排名 5 · LXL04_018536 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01080.23Presenilin10-421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018536	`PF01080.23`	Presenilin	10	421	1.4e-127	426.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64668`	拟南芥	Presenilin-like protein At1g08700	62.806%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIK7`	拟南芥	Presenilin-like protein At2g29900	47.017%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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